Aarhus University Seal / Aarhus Universitets segl

THE PAN-TRANSCRIPTOME OF VICIA FABA

Research output: Book/anthology/dissertation/reportPh.D. thesis

  • Leandro Escobar-Herrera
Vicia faba (hestebønner) har potentialet til at være en kompetitiv proteinbønne, men mangler genetiske ressourcer til at hjælpe med at avle efter varianter med bedre egenskaber for landbruget. Hestebønner er velkendt som producenter af vicine og convicine. De er antinæringsstoffer, der kan give akuthæmolyse i individer med glucose-6-phosphate dehydrogenase mangel. Denne bælgfrugt er en diploid organisme, den har et enormt genom på 13 GB. Dette gør sekvensering af genomet til en større udfordring. Nye udviklinger inden for hestebønnens genetiske ressourcer var krævet for at opdage essentielle gener i vicine/convicine biosyntesestien. Hermed dannes nye muligheder for avl af hestebønner med konkurrencedygtige egenskaber. Denne Ph.d. afhandling havde som mål at lave et omfattende transkriptom for Vicia faba. For at støtte opdagelsen af nye gener, var et genatlas konstrueret af hestebønnesorten Hedin. Genatlaset var sammenlignet med massespektrometri data for at finde transkripter, der korrelere med udtrykkelsen af vicine/convicine. Undersøgelsen ledte til VC1, et central gen i vicine/convicine biosyntesen. VC1 associerer sig stærkt med sorter der har høj vicine/convicine, og også i væv hvor disse antinæringsstoffer er udtrykt. Et pan-transkriptom var kreeret for at støtte udforskningen af gener med interessante egenskaber for landbruget. Ved inklusionen
af de fire hestebønnesorter (159b, 2378,Hedin ogHiverna), blev pan-transkriptomet
et omfattende værktøj. Resultatet var et vidtfavnende transkriptom med sammenlignende
kvalitet til transkriptomer fra godt annoteret bælgfrugter, så som lotus og ærter.
Dette afhandlings produkt inkluderede pan-transkriptomet med sit tilhørende genatlas,
begge er værdifulde værktøjer for eksperimenter vedrørende genudtryk. Pan-transkriptomet
er af høj kvalitet og kommer til at hjælpemed annoteringen af det kommende hestebønnegenom.
Original languageDanish
PublisherAarhus Universitet
Number of pages171
Publication statusPublished - Feb 2021

See relations at Aarhus University Citationformats

ID: 205579079