Linked biogenesis and degradation of human non-coding RNAs

Research output: Book/anthology/dissertation/reportPh.D. thesis

Abstract

De seneste år er der blevet opdaget et væld af nye klasser af ikke-kodende RNA transkripter i forskellige modelorganismer, inklusiv gær og menneskeceller. Mens nogle af disse nyfundne ikke-kodende RNA-molekyler har vist sig at tjene vigtige regulerende cellulære funktioner, er det ukendt hvilke funktionelle roller majoriteten af disse transkripter spiller. De molekylære mekanismer bag dannelsen og nedbrydningen af både de nye klasser af ikke-kodende RNA transkripter og af flere etablerede klasser af ikke-kodende RNA transkripter er relativt ukendte i humane celler. Vi har undersøgt flere aspekter af metabolismen af ikke-kodende RNA med fokus på de molekyler, der oprinder fra eller omkring protein-kodende gener i menneskeceller. Disse studier har centreret sig omkring funktioner af RNA exosomet, som er et evolutionært konserveret proteinkompleks der er ansvarlig for hovedparten af den nukleære 3-5’ exoribonukleaseaktivitet i organismer så forskel¬lige som gær og mennesker. Gennem dette arbejde har vi vist at de fleste små RNAs molekyler, der oprinder fra humane protein-kodende gener (fraregnet mikroRNAer og introniske snoRNAer) repræsenterer RNA-nedbrydningssignaturer af specifikke molekylære processeringshændelser i dannelsen af pre-messenger RNA. Endvidere har vi fundet at 3’-forlængede humane introniske snoRNA-transkripter er substrater for RNA exosomet, men at produktionen af modne introniske snoRNAer ikke er afhængig af RNA exosomet, hvilket er ulig mekanismerne i gær, som man ellers have regnet med ville afspejles i menneskeceller. Vi har også påvist at exosomal nedbrydning at 3’-forlængede snRNAer foregår via samme molekylære mekanisme som PROMPTs. Overraskende nok viste denne mekanisme sig at være forbundet til transkriptionsterminering, idet vi har kunnet fastslå at nyligt identificerede komponenter af RNA exosomets interaktionsnetværk er påkrævede for optimal transkriptionsterminering ved snRNA-gener. Slutteligt viser foreløbige resultater at de samme interaktionspartnere, som viste sig at være involveret i transkriptionsterminering, er del af et molekylært knudepunkt i reguleringen af processering og exosomal nedbrydning af humane snoRNA-værtsgenstranskripter.
Translated title of the contributionForbundet dannelse og nedbrydning af humane ikke-kodende RNAer
Original languageEnglish
Number of pages167
Publication statusPublished - 1 Oct 2012

Cite this