I sommeren 2022 har vi kortlagt Eskilsøs biodiversitet for at kunne dokumentere biodiversitetens fremtidige udvikling. Ynglefugle, planter, gødningsbiller, sommerfugle og bier er undersøgt samt kulstofindhold i jord – det sidste for at dokumentere ændringer i kulstoflagring ved ændret forvaltning. Øen er præget af tidligere dyrkning, og de største biodiversitetsværdier er de ynglende fugle og strandengene, som har et meget naturligt præg. Vi anbefaler at genoprette naturlig næringsstatus på tidligere dyrkningsflader, fx ved at afskrælle topjord, at igangsætte naturlig succession og græsning ved helårsgræsning med heste og okser. Vi anbefaler, at man undersøger muligheden for at skabe mere naturlig hydrologi ved at fjerne diget og evt. lade dele stå tilbage som ”fugleøer”. Genopretning af et naturligt økosystem kan være et forvaltningsmål i sig selv, men det vil indebære, at bekæmpelse af ræve ophører, og at naturlig prædation tillades. Desuden igangsættes genopretning af græsning med svin, som kan bidrage med forstyrrelser i jorden. Dog vil begge disse tiltag sandsynligvis påvirke jordrugende fugle negativt, og det skal derfor undersøges, om det i så fald vil være i strid med udpegningsgrundlaget.