THE PAN-TRANSCRIPTOME OF VICIA FABA

TY - BOOK

T1 - THE PAN-TRANSCRIPTOME OF VICIA FABA

AU - Escobar-Herrera, Leandro

PY - 2021/2

Y1 - 2021/2

N2 - Vicia faba (hestebønner) har potentialet til at være en kompetitiv proteinbønne, men mangler genetiske ressourcer til at hjælpe med at avle efter varianter med bedre egenskaber for landbruget. Hestebønner er velkendt som producenter af vicine og convicine. De er antinæringsstoffer, der kan give akuthæmolyse i individer med glucose-6-phosphate dehydrogenase mangel. Denne bælgfrugt er en diploid organisme, den har et enormt genom på 13 GB. Dette gør sekvensering af genomet til en større udfordring. Nye udviklinger inden for hestebønnens genetiske ressourcer var krævet for at opdage essentielle gener i vicine/convicine biosyntesestien. Hermed dannes nye muligheder for avl af hestebønner med konkurrencedygtige egenskaber. Denne Ph.d. afhandling havde som mål at lave et omfattende transkriptom for Vicia faba. For at støtte opdagelsen af nye gener, var et genatlas konstrueret af hestebønnesorten Hedin. Genatlaset var sammenlignet med massespektrometri data for at finde transkripter, der korrelere med udtrykkelsen af vicine/convicine. Undersøgelsen ledte til VC1, et central gen i vicine/convicine biosyntesen. VC1 associerer sig stærkt med sorter der har høj vicine/convicine, og også i væv hvor disse antinæringsstoffer er udtrykt. Et pan-transkriptom var kreeret for at støtte udforskningen af gener med interessante egenskaber for landbruget. Ved inklusionenaf de fire hestebønnesorter (159b, 2378,Hedin ogHiverna), blev pan-transkriptometet omfattende værktøj. Resultatet var et vidtfavnende transkriptom med sammenlignendekvalitet til transkriptomer fra godt annoteret bælgfrugter, så som lotus og ærter.Dette afhandlings produkt inkluderede pan-transkriptomet med sit tilhørende genatlas,begge er værdifulde værktøjer for eksperimenter vedrørende genudtryk. Pan-transkriptometer af høj kvalitet og kommer til at hjælpemed annoteringen af det kommende hestebønnegenom.

AB - Vicia faba (hestebønner) har potentialet til at være en kompetitiv proteinbønne, men mangler genetiske ressourcer til at hjælpe med at avle efter varianter med bedre egenskaber for landbruget. Hestebønner er velkendt som producenter af vicine og convicine. De er antinæringsstoffer, der kan give akuthæmolyse i individer med glucose-6-phosphate dehydrogenase mangel. Denne bælgfrugt er en diploid organisme, den har et enormt genom på 13 GB. Dette gør sekvensering af genomet til en større udfordring. Nye udviklinger inden for hestebønnens genetiske ressourcer var krævet for at opdage essentielle gener i vicine/convicine biosyntesestien. Hermed dannes nye muligheder for avl af hestebønner med konkurrencedygtige egenskaber. Denne Ph.d. afhandling havde som mål at lave et omfattende transkriptom for Vicia faba. For at støtte opdagelsen af nye gener, var et genatlas konstrueret af hestebønnesorten Hedin. Genatlaset var sammenlignet med massespektrometri data for at finde transkripter, der korrelere med udtrykkelsen af vicine/convicine. Undersøgelsen ledte til VC1, et central gen i vicine/convicine biosyntesen. VC1 associerer sig stærkt med sorter der har høj vicine/convicine, og også i væv hvor disse antinæringsstoffer er udtrykt. Et pan-transkriptom var kreeret for at støtte udforskningen af gener med interessante egenskaber for landbruget. Ved inklusionenaf de fire hestebønnesorter (159b, 2378,Hedin ogHiverna), blev pan-transkriptometet omfattende værktøj. Resultatet var et vidtfavnende transkriptom med sammenlignendekvalitet til transkriptomer fra godt annoteret bælgfrugter, så som lotus og ærter.Dette afhandlings produkt inkluderede pan-transkriptomet med sit tilhørende genatlas,begge er værdifulde værktøjer for eksperimenter vedrørende genudtryk. Pan-transkriptometer af høj kvalitet og kommer til at hjælpemed annoteringen af det kommende hestebønnegenom.

KW - Transcripomics

KW - faba bean

KW - de novo assembly

M3 - Ph.d.-afhandling

BT - THE PAN-TRANSCRIPTOME OF VICIA FABA

PB - Århus Universitet

ER -