Aarhus University Seal / Aarhus Universitets segl

Structural studies of the carbohydrate binding domains LysM & G5 from Gram positive bacteria

Publikation: Bog/antologi/afhandling/rapportPh.d.-afhandling

  • Søren Fuglsang Midtgaard, Danmark
  • Molekylærbiologisk Institut
Gram positive bakterier er dækket af en ydre cellevæg, bestående af et komplekst netværk af sukkerkæder. Denne ydre cellevæg udgør en vigtig barriere, som har til formål at opretholde bakteriens form og modstå det høje osmotiske tryk, der er til stede inde i bakterie-cellen. Et stort antal proteiner har vist sig at interagere med denne cellevægs barriere, blandt andet i forbindelse med cellevækst, signalering og patogeneses etcetera.
For at kunne forstå interaktionerne mellem specifikke proteiner og cellevæggen, er det nødvendigt at udforske de domæner proteinerne benytter sig af, når de binder sig til cellevæggen. Flere sukkerbindende proteindomæner har vist sig at være i stand til at interagere med bakteriens cellevæg.
Vi har valgt at undersøge to af disse proteindomæner, LysM domænet og G5 domænet.
Vi har foretaget bindingsstudier af P60 proteinet med forskellige længder sukkere (N-acetylglycosamine) vha. ITC målinger, der viser bindingen. Krystallisation af de forskellige proteiner der indeholder LysM domænet er blevet forsøgt for både P60 og TM_0409 uden held. Derimod har vi fremstillet krystaller af YkuD proteinet. Screening af forskellige sukkermolekyler der formodentlig kan bindes af LysM-domænet, er påbegyndt, vha. disse krystaller.

Bindingsstudier af IgA1 proteasen og af menneskelig IgA1 er blevet foretaget vha. biacore målinger, som har afsløret en stærk binding mellem de to proteiner.
Der er fremstillet proteinkrystaller af IgA1 proteasen, der spreder Röntgen-strålingen ud til 6.5 Å. Optimeringen af krystallerne er fortsat i gang.
SAXS målinger er blevet udført på prøver af P60, YkuD, IgA1 proteasen og på en blanding af IgA1 proteasen og IgA1 fra mennesker. Alle forsøgene har resulteret i troværdige modeller for proteinernes generelle form, som stemmer godt overens med eksisterende strukturer af proteinerne.
OriginalsprogEngelsk
ForlagAarhus Universitet
Antal sider102
StatusUdgivet - 14 jan. 2011

Se relationer på Aarhus Universitet Citationsformater

ID: 34812642