Aarhus University Seal / Aarhus Universitets segl

Thomas Birkballe Hansen

  1. 2019
  2. Udgivet

    The biogenesis, biology and characterization of circular RNAs. / Kristensen, Lasse Sommer; Schertz Andersen, Maria; Stagsted, Lotte Victoria Winther; Ebbesen, Karoline; Hansen, Thomas Birkballe; Kjems, Jørgen.

    I: Nature Reviews. Genetics, Bind 20, Nr. 11, 11.2019, s. 675-691.

    Publikation: Bidrag til tidsskrift/Konferencebidrag i tidsskrift /Bidrag til avisReviewForskningpeer review

  3. Udgivet

    Noncoding AUG circRNAs constitute an abundant and conserved subclass of circles. / Stagsted, Lotte Vw; Nielsen, Katrine; Daugaard, Iben; Hansen, Thomas B.

    I: Life science alliance, Bind 2, Nr. 3, e201900398, 06.2019.

    Publikation: Bidrag til tidsskrift/Konferencebidrag i tidsskrift /Bidrag til avisTidsskriftartikelForskningpeer review

  4. Udgivet

    CircSMARCA5 regulates VEGFA mRNA splicing and angiogenesis in glioblastoma multiforme through the binding of SRSF1. / Barbagallo, Davide; Caponnetto, Angela; Brex, Duilia; Mirabella, Federica; Barbagallo, Cristina; Lauretta, Giovanni; Morrone, Antonio; Certo, Francesco; Broggi, Giuseppe; Caltabiano, Rosario; Barbagallo, Giuseppe M.; Spina-Purrello, Vittoria; Ragusa, Marco; Di Pietro, Cinzia; Hansen, Thomas B.; Purrello, Michele.

    I: Cancers, Bind 11, Nr. 2, 194, 01.02.2019.

    Publikation: Bidrag til tidsskrift/Konferencebidrag i tidsskrift /Bidrag til avisTidsskriftartikelForskningpeer review

  5. 2018
  6. Udgivet

    Enhanced Tailored MicroRNA Sponge Activity of RNA Pol II-Transcribed TuD Hairpins Relative to Ectopically Expressed ciRS7-Derived circRNAs. / Hollensen, Anne Kruse; Andersen, Sofie; Hjorth, Karina; Bak, Rasmus O; Hansen, Thomas B; Kjems, Jørgen; Aagaard, Lars; Damgaard, Christian Kroun; Mikkelsen, Jacob Giehm.

    I: Molecular Therapy - Nucleic Acids, Bind 13, 07.12.2018, s. 365-375.

    Publikation: Bidrag til tidsskrift/Konferencebidrag i tidsskrift /Bidrag til avisTidsskriftartikelForskningpeer review

  7. Udgivet

    Improved circRNA identification by combining prediction algorithms. / Hansen, Thomas B.

    I: Frontiers in Cell and Developmental Biology, Bind 6, Nr. MAR, 20, 05.03.2018.

    Publikation: Bidrag til tidsskrift/Konferencebidrag i tidsskrift /Bidrag til avisTidsskriftartikelForskningpeer review

  8. Udgivet

    CircSMARCA5 inhibits migration of glioblastoma multiforme cells by regulating a molecular axis involving splicing factors SRSF1/SRSF3/PTB. / Barbagallo, Davide; Caponnetto, Angela; Cirnigliaro, Matilde; Brex, Duilia; Barbagallo, Cristina; D’Angeli, Floriana; Morrone, Antonio; Caltabiano, Rosario; Barbagallo, Giuseppe Maria; Ragusa, Marco; Di Pietro, Cinzia; Hansen, Thomas Birkballe; Purrello, Michele.

    I: International Journal of Molecular Sciences, Bind 19, Nr. 2, 480, 06.02.2018.

    Publikation: Bidrag til tidsskrift/Konferencebidrag i tidsskrift /Bidrag til avisTidsskriftartikelForskningpeer review

  9. Udgivet

    Circular RNAs in cancer : opportunities and challenges in the field. / Kristensen, L S; Hansen, T B; Venø, M T; Kjems, J.

    I: Oncogene, Bind 37, 01.02.2018, s. 555–565.

    Publikation: Bidrag til tidsskrift/Konferencebidrag i tidsskrift /Bidrag til avisReviewForskningpeer review

  10. Udgivet

    Characterization of circular RNA concatemers. / Hansen, Thomas B.

    Circular RNAs : Methods and Protocols. red. / C. Dietrerich; A. Papantonis. Bind 1724 New York : Humana Press, 2018. s. 143-157 (Methods in Molecular Biology, Bind 1724).

    Publikation: Bidrag til bog/antologi/rapport/proceedingBidrag til bog/antologiForskningpeer review

  11. Udgivet

    Detecting Agotrons in Ago CLIPseq Data. / Hansen, Thomas B.

    miRNA Biogenesis: Methods in Molecular Biology. red. / U. Ørum. Bind 1823 New York : Springer, 2018. s. 221-232 (Methods in molecular biology (Clifton, N.J.)).

    Publikation: Bidrag til bog/antologi/rapport/proceedingBidrag til bog/antologiForskningpeer review

  12. Udgivet

    Enzyme-free digital counting of endogenous circular RNA molecules in B-cell malignancies. / Dahl, Mette; Daugaard, Iben; Andersen, Maria Schertz; Hansen, Thomas Birkballe; Grønbæk, Kirsten; Kjems, Jørgen; Kristensen, Lasse Sommer.

    I: Laboratory Investigation, Bind 98, 2018, s. 1657–1669.

    Publikation: Bidrag til tidsskrift/Konferencebidrag i tidsskrift /Bidrag til avisTidsskriftartikelForskningpeer review

  13. 2017
  14. Udgivet

    Circular RNA expression is abundant and correlated to aggressiveness in early-stage bladder cancer. / Okholm, Trine Line Hauge; Nielsen, Morten Muhlig; Hamilton, Mark; Christensen, Lise-Lotte; Vang, Søren; Hedegaard, Jakob; Hansen, Thomas Birkballe; Kjems, Jørgen; Dyrskjøt, Lars; Pedersen, Jakob Skou.

    I: npj Genomic Medicine, Bind 2, 36, 28.11.2017.

    Publikation: Bidrag til tidsskrift/Konferencebidrag i tidsskrift /Bidrag til avisTidsskriftartikelForskningpeer review

  15. Udgivet

    The invasion of circRNAs. / Hansen, Thomas B.; Kjems, Jørgen.

    I: RNA Biology, Bind 14, Nr. 8, 06.10.2017, s. 973-974.

    Publikation: Bidrag til tidsskrift/Konferencebidrag i tidsskrift /Bidrag til avisLederForskningpeer review

  16. Udgivet

    The agotrons: Gene regulators or Argonaute protectors? / Stagsted, Lotte V W; Daugaard, Iben; Hansen, Thomas B.

    I: BioEssays, Bind 39, Nr. 4, 07.03.2017.

    Publikation: Bidrag til tidsskrift/Konferencebidrag i tidsskrift /Bidrag til avisTidsskriftartikelForskningpeer review

  17. Udgivet

    Biogenesis and Function of Ago-Associated RNAs. / Daugaard, Iben; Hansen, Thomas Birkballe.

    I: Trends in Genetics, Bind 33, Nr. 3, 03.2017, s. 208-219.

    Publikation: Bidrag til tidsskrift/Konferencebidrag i tidsskrift /Bidrag til avisTidsskriftartikelForskningpeer review

  18. Udgivet

    Insights into circular RNA biology. / Ebbesen, Karoline K; Hansen, Thomas B; Kjems, Jørgen.

    I: RNA Biology, Bind 14, Nr. 8, 20.01.2017, s. 1035-1045.

    Publikation: Bidrag til tidsskrift/Konferencebidrag i tidsskrift /Bidrag til avisTidsskriftartikelForskningpeer review

  19. Udgivet

    Comparative analysis of 12 different kits for bisulfite conversion of circulating cell-free DNA. / Ørntoft, Mai-Britt Worm; Jensen, Sarah Østrup; Hansen, Thomas Birkballe; Bramsen, Jesper Bertram; Andersen, Claus Lindbjerg.

    I: Epigenetics, Bind 12, Nr. 8, 2017, s. 626-636.

    Publikation: Bidrag til tidsskrift/Konferencebidrag i tidsskrift /Bidrag til avisTidsskriftartikelForskningpeer review

  20. 2016
  21. Udgivet

    Effects of litter provision during early rearing and environmental enrichment during the production phase on feather pecking and feather damage in laying hens. / Tahamtani, F. M.; Brantsæter, M.; Nordgreen, J.; Sandberg, E.; Hansen, T. B.; Nødtvedt, A.; Rodenburg, T. B.; Moe, R. O.; Janczak, A. M.

    I: Poultry Science, Bind 95, Nr. 12, 01.01.2016, s. 2747-2756.

    Publikation: Bidrag til tidsskrift/Konferencebidrag i tidsskrift /Bidrag til avisTidsskriftartikelForskningpeer review

  22. Udgivet

    Argonaute-associated short introns are a novel class of gene regulators. / Hansen, Thomas B; Venø, Morten T; Jensen, Trine I; Schaefer, Anne; Damgaard, Christian K; Kjems, Jørgen.

    I: Nature Communications, Bind 7, 11538, 2016.

    Publikation: Bidrag til tidsskrift/Konferencebidrag i tidsskrift /Bidrag til avisTidsskriftartikelForskningpeer review

  23. Udgivet

    Circular RNAs : Identification, biogenesis and function. / Ebbesen, Karoline K; Kjems, Jørgen; Hansen, Thomas B.

    I: BBA General Subjects, Bind 1859, Nr. 1, 2016, s. 163-168.

    Publikation: Bidrag til tidsskrift/Konferencebidrag i tidsskrift /Bidrag til avisTidsskriftartikelForskningpeer review

  24. 2015
  25. Udgivet

    Comparison of circular RNA prediction tools. / Hansen, Thomas B; Venø, Morten T; Damgaard, Christian K; Kjems, Jørgen.

    I: Nucleic Acids Research, 10.12.2015.

    Publikation: Bidrag til tidsskrift/Konferencebidrag i tidsskrift /Bidrag til avisTidsskriftartikelForskningpeer review

  26. Udgivet

    Circular RNAs: Identification, biogenesis and function. / Ebbesen, Karoline; Kjems, Jørgen; Hansen, Thomas Birkballe.

    I: Biochimica et Biophysica Acta, Gene Structure and Expression, 11.07.2015.

    Publikation: Bidrag til tidsskrift/Konferencebidrag i tidsskrift /Bidrag til avisTidsskriftartikelForskningpeer review

  27. Udgivet

    Spatio-temporal regulation of circular RNA expression during porcine embryonic brain development. / Venø, Morten T; Hansen, Thomas B; Venø, Susanne T; Clausen, Bettina H; Grebing, Manuela; Finsen, Bente; Holm, Ida E; Kjems, Jørgen.

    I: Genome Biology, Bind 16, 16:245, 2015.

    Publikation: Bidrag til tidsskrift/Konferencebidrag i tidsskrift /Bidrag til avisTidsskriftartikelForskningpeer review

  28. 2014
  29. Udgivet

    miRdentify : high stringency miRNA predictor identifies several novel animal miRNAs. / Hansen, Thomas B; Venø, Morten T; Kjems, Jørgen; Damgaard, Christian Kroun.

    I: Nucleic Acids Research, Bind 42, Nr. 16, e124, 22.07.2014, s. 1-11.

    Publikation: Bidrag til tidsskrift/Konferencebidrag i tidsskrift /Bidrag til avisTidsskriftartikelForskningpeer review

  30. 2013
  31. Udgivet

    Circular RNA and miR-7 in Cancer. / Hansen, Thomas Birkballe; Kjems, Jørgen; Damgaard, Christian Kroun.

    I: Cancer Research, Bind 73, Nr. 18, 15.09.2013, s. 5609-5612.

    Publikation: Bidrag til tidsskrift/Konferencebidrag i tidsskrift /Bidrag til avisTidsskriftartikelForskningpeer review

  32. Udgivet

    Natural RNA circles function as efficient microRNA sponges. / Hansen, Thomas Birkballe; Jensen, Trine I; Clausen, Bettina Hjelm; Bramsen, Jesper B; Finsen, Bente; Damgaard, Christian K; Kjems, Jørgen.

    I: Nature, Bind 495, 27.02.2013, s. 384-388.

    Publikation: Bidrag til tidsskrift/Konferencebidrag i tidsskrift /Bidrag til avisTidsskriftartikelForskningpeer review

  33. 2012
  34. Udgivet

    The miR-143/-145 cluster regulates plasminogen activator inhibitor-1 in bladder cancer. / Villadsen, S B; Bramsen, Jesper Bertram; Ostenfeld, M S; Wiklund, E D; Fristrup, N; Gao, S; Hansen, Thomas Birkballe; Jensen, T I; Borre, M; Orntoft, T F; Dyrskjøt, Lars ; Kjems, J.

    I: B J C, Bind 106, Nr. 2, 17.01.2012, s. 366-374.

    Publikation: Bidrag til tidsskrift/Konferencebidrag i tidsskrift /Bidrag til avisTidsskriftartikelForskningpeer review

  35. 2011
  36. Udgivet

    miRNA-dependent gene silencing involving Ago2-mediated cleavage of a circular antisense RNA. / Hansen, Thomas Birkballe; Wiklund, Erik D; Bramsen, Jesper Bertram; Villadsen, Sune B; Statham, Aaron L; Clark, Susan J; Kjems, Jørgen.

    I: E M B O Journal, Bind 30, Nr. 21, 30.09.2011, s. 4414-4422.

    Publikation: Bidrag til tidsskrift/Konferencebidrag i tidsskrift /Bidrag til avisTidsskriftartikelForskningpeer review

  37. Udgivet

    Enhancing miRNA annotation confidence in miRBase by continuous cross dataset analysis. / Hansen, Thomas Birkballe; Kjems, Jørgen; Bramsen, Jesper B.

    I: RNA Biology, Bind 8, Nr. 3, 06.2011, s. 378-383.

    Publikation: Bidrag til tidsskrift/Konferencebidrag i tidsskrift /Bidrag til avisTidsskriftartikelForskningpeer review

  38. Udgivet

    Coordinated epigenetic repression of the miR-200 family and miR-205 in invasive bladder cancer. / Wiklund, Erik D; Bramsen, Jesper B; Hulf, Toby; Andersen, Lars Dyrskjøt; Ramanathan, Ramshanker; Hansen, Thomas B; Villadsen, Sune B; Gao, Shan; Ostenfeld, Marie S; Borre, Michael; Peter, Marcus E; Ørntoft, Torben F; Kjems, Jørgen; Clark, Susan J.

    I: International Journal of Cancer, Bind 128, Nr. 6, 15.03.2011, s. 1327-1334.

    Publikation: Bidrag til tidsskrift/Konferencebidrag i tidsskrift /Bidrag til avisTidsskriftartikelForskningpeer review

  39. 2010
  40. Udgivet

    Re-inspection of small RNA sequence datasets reveals several novel human miRNA genes. / Hansen, Thomas Birkballe; Bramsen, Jesper Bertram; Kjems, Jørgen.

    I: P L o S One, Bind 5, Nr. 6, 04.06.2010, s. e10961.

    Publikation: Bidrag til tidsskrift/Konferencebidrag i tidsskrift /Bidrag til avisTidsskriftartikelForskningpeer review

  41. Udgivet

    A screen of chemical modifications identifies position-specific modification by UNA to most potently reduce siRNA off-target effects. / Bramsen, Jesper Bertram; Pakula, Malgorzata M; Hansen, Thomas B; Bus, Claus; Langkjær, Niels; Odadzic, Dalibor; Smicius, Romualdas; Wengel, Suzy L; Chattopadhyaya, Jyoti; Engels, Joachim W; Herdewijn, Piet; Wengel, Jesper; Kjems, Jørgen.

    I: Nucleic Acids Research, Bind 38, Nr. 17, 2010, s. 5761-5773.

    Publikation: Bidrag til tidsskrift/Konferencebidrag i tidsskrift /Bidrag til avisTidsskriftartikelForskningpeer review

  42. Udgivet

    Non-canonical miRNA-mediated regulation of gene expression. / Hansen, Thomas Birkballe.

    2010.

    Publikation: Bog/antologi/afhandling/rapportPh.d.-afhandlingForskning

  43. 2009
  44. Udgivet

    A large-scale chemical modification screen identifies design rules to generate siRNAs with high activity, high stability and low toxicity. / Bramsen, Jesper B; Laursen, Maria Bach; Nielsen, Anne F; Hansen, Thomas B; Bus, Claus; Langkjær, Niels; Babu, Bolle Ravindra; Højland, Torben; Abramov, Mikhail; Van Aerschot, Arthur; Odadzic, Dalibor; Smicius, Romualdas; Haas, Jens; Andree, Cordula; Barman, Jharna; Wenska, Malgorzata; Srivastava, Puneet; Zhou, Chuanzheng; Honcharenko, Dmytro; Hess, Simone; Müller, Elke; Bobkov, Georgii V; Mikhailov, Sergey N; Fava, Eugenio; Meyer, Thomas F; Chattopadhyaya, Jyoti; Zerial, Marino; Engels, Joachim W; Herdewijn, Piet; Wengel, Jesper; Kjems, Jørgen.

    I: Nucleic Acids Research, Bind 37, Nr. 9, 2009, s. 2867-81.

    Publikation: Bidrag til tidsskrift/Konferencebidrag i tidsskrift /Bidrag til avisTidsskriftartikelForskningpeer review