Projekter pr. år
Personlig profil
Forskning
Jeg har en særlig interesse i at bruge machine learning til at udvikle nye teknikker til brug i medicin – med særligt fokus på brug af largescale data (f.eks. metabolomics). Mine nuværende samarbejder er inden for retsmedicin og bloddonorer. Jeg samarbejder gerne med andre kliniske fagområder!
Profil
Jeg er ekspert i statistik, genomik og bioinformatik med fokus på anvendt statistik, datalogi og maskinlæring. Jeg elsker data og datadrevet forskning med særligt fokus på anvendt forskning, der kan forbedre samfundet. Jeg har en særlig interesse i at bruge maskinlæring til at udvikle nye teknikker til brug i medicin – med særligt fokus på brug af storskala metoder (f.eks. metabolomik). Jeg har en stærk baggrund inden for populationsbiologi, populationsgenetik og genom evolution og analyse, men med mere end 20 års erfaring inden for bioinformatik. Jeg har flere samarbejdspartnere inden for biologi, medicin og retsmedicin.
Rådgivning
Jeg rådgiver gerne andre indenfor data analyse, power analyser og eksperiementel design indenfor forskellige biologiske og biomedicinske forskningsanalyser. Og bredere indenfor Machine Learning og AI - og andre aspekter af data science.
Til rådgivningsformål har jeg en enkeltmands konsulentvirksomhed (Panformatics, CVR: 30795067). Kontakt mig gerne på [email protected].
Samarbejder og Formidling
Jeg samarbejder meget bredt med andre universiteter (Sheffield, Linköping, Nice) og andre forskere på AU og AUH (Biologi, Odontologi, Retsmedicin, Blodbanken).
Derudover samarbejder jeg løbende med virksomheder i forskellige studenterprojekter (f.eks. FOSS analytis, Bestseller).
Fælles for samarbejder er at vi allesammen skal synes at det er relevant, vigtigt og ikke mindst sjovt for os alle sammen at deltage i.
Undervisning
Jeg udvikler og underviser kurser på BSc, MSc og PhD niveau. I øjeblikket underviser jeg primært i HPC (high performance computing), Data Science og Machine Learning. Jeg er altid nysgerrig på nye værktøjer i undervisningen og de muligheder som f.eks. generativ AI giver studerende og implementerer og evaluerer brugen af værktøjer løbende.
Fælles for alle kurser er brug af peer review og 2 undervisere, så vi holder hinanden skarpe og løbende udvikler og forbedrer vores kurser.
Arbejdsområder
Jeg er associate professor ved Institut for Klinisk Medicin på Aarhus Universitet, hvor jeg arbejder i Enhed for Bioinformatik.
Mine arbejdsområder inkluderer bioinformatik, statistik, data science, metabolomics, machine learning og AI. Jeg har en baggrund inden for populationsbiologi, populationsgenetik og genom evolution og analyse, med over 20 års erfaring inden for bioinformatik.
Emneord
- Biologi
- Ekspressionsanalyse
- Genetik og molekylær evolution
- Genomanalyse
- Molekylær evolution
- Transkriptionsanalyse
- Evolutionære netværk
- Evolutionære træer
- Sekvensanalyse
Fagområder
- Bioinformatik
- statistik
- data science
- metabolomics
- machine learning and AI
Fingeraftryk
- 1 Lignende profiler
Samarbejde og topforskningsområder i de sidste fem år
-
Aldring af biologiske spor
Johannsen, M. (PI), Nielsen, K. L. (Projektleder) & Villesen, P. (Deltager)
01/12/2019 → 31/05/2025
Projekter: Projekt › Forskning
-
Genekspressionsprofiler i oocyter og granulosaceller fra de første stadier i den humane follikulogenese
Ernst, E. H. (Deltager), Lykke-Hartmann, K. (Deltager) & Villesen, P. (Deltager)
01/02/2012 → 01/03/2017
Projekter: Projekt › Forskning
Publikation
-
3D dental similarity quantification in forensic odontology identification
Kofod Petersen, A., Forgie, A., Villesen, P. & Staun Larsen, L., maj 2025, I: Forensic Science International. 370, 112462.Publikation: Bidrag til tidsskrift/Konferencebidrag i tidsskrift /Bidrag til avis › Tidsskriftartikel › Forskning › peer review
Åben adgang -
End-To-End Deep Learning Explains Antimicrobial Resistance in Peak-Picking-Free MALDI-MS Data
Lassen, J. K. & Villesen, P., feb. 2025, I: Analytical Chemistry. 97, 5, s. 2795-2800 6 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift/Konferencebidrag i tidsskrift /Bidrag til avis › Tidsskriftartikel › Forskning › peer review
-
The Composition of the Fecal and Mucosa-adherent Microbiota Varies Based on Age and Disease Activity in Ulcerative Colitis
Malham, M., Vestergaard, M. V., Bataillon, T., Villesen, P., Dempfle, A., Bang, C., Engsbro, A. L., Jakobsen, C., Franke, A., Wewer, V., Thingholm, L. B. & Petersen, A. M., feb. 2025, I: Inflammatory Bowel Diseases. 31, 2, s. 501-513 13 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift/Konferencebidrag i tidsskrift /Bidrag til avis › Tidsskriftartikel › Forskning › peer review
2 Citationer (Scopus) -
The genomic consequences and persistence of sociality in spiders
Ma, J., Bechsgaard, J. S., Lauridsen, A. A., Villesen, P., Bilde, T. & Schierup, M. H., mar. 2025, I: Genome Research. 35, 3, s. 499-511 13 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift/Konferencebidrag i tidsskrift /Bidrag til avis › Tidsskriftartikel › Forskning › peer review
Åben adgang -
Automatic removal of soft tissue from 3D dental photo scans; an important step in automating future forensic odontology identification
Kofod Petersen, A., Forgie, A. H., Bindslev, D. A., Villesen, P. & Staun Larsen, L., maj 2024, I: Scientific Reports. 14, 7 s., 12421.Bidragets oversatte titel :Automatisk fjernelse af blødt væv fra 3D-tandfotoscanninger; Et vigtigt skridt i automatisering af fremtidig retsmedicinsk odontologisk identifikation Publikation: Bidrag til tidsskrift/Konferencebidrag i tidsskrift /Bidrag til avis › Tidsskriftartikel › Forskning › peer review
Åben adgang1 Citationer (Scopus)
Aktiviteter
-
Konsulentarbejde (eget firma)
Villesen, P. (Deltager)
2022 → …Aktivitet: Præsentationer, medlemskaber, ansættelser, ejerskab og andre aktiviteter › Ansættelse og ejerandele i eksterne virksomheder
-
Ejer konsulentfirma
Villesen, P. (Foredragsholder)
2021 → …Aktivitet: Præsentationer, medlemskaber, ansættelser, ejerskab og andre aktiviteter › Ansættelse og ejerandele i eksterne virksomheder
-
6th Danish Conference on Biotechnology and Molecular Biology
Villesen, P. (Deltager)
26 maj 2011 → 27 maj 2011Aktivitet: Deltagelse i eller arrangement af en begivenhed - typer › Deltagelse i eller organisering af workshop, seminar eller kursus
-
Involvement of the endogenous HERV-F(c)1 retrorviral locus on the human X chromosome in the etiology of multiple sclerosis
Villesen, P. (Oplægsholder)
12 okt. 2010 → 16 okt. 2010Aktivitet: Præsentationer, medlemskaber, ansættelser, ejerskab og andre aktiviteter › Foredrag og mundtlige bidrag
-
A study of a regional cocaine market in denmark using profiling of alkaloids and residual solvents
Villesen, P. (Oplægsholder)
18 maj 2010 → 20 maj 2010Aktivitet: Præsentationer, medlemskaber, ansættelser, ejerskab og andre aktiviteter › Foredrag og mundtlige bidrag
Priser
-
Studenter konkurrence ved Triennial IOFOS Congress of Forensic Odonto-Stomatology
Kofod Petersen, A. (Modtager), Staun Larsen, L. (Modtager), Villesen, P. (Modtager) & Forgie, A. H. (Modtager), sep. 2023
Pris: Priser, stipendier, udnævnelser
Presse/medier
-
Ny retskemisk metode skal afsløre alderen på blodspor og fingeraftryk
Johannsen, M., Nielsen, K. L., Villesen, P., Vedel Rasmussen, S. & Engelsen, S. B.
15/12/2019 → 16/12/2019
3 Mediebidrag
Presse/medie