Marcus Høy Hansen

Cand.scient.med. / MSc. in biomedical engineering, BSc. molecular biology

Curriculum Vitae

Profile photo

Phone: +45 29928164

E-mail: marcus@clin.au.dk

 

Affiliations

Aarhus University Hospital

Department of Clinical Medicine

Department of Hematology

Tage-Hansens Gade 2, 2., building 4A 

8000 Aarhus, Denmark

 

Odense University Hospital 

Department of Haematology

Sdr. Boulevard 29

5000 Odense, Denmark


Biomedical Engineer (freelance researcher)

Terosevej 3, 8541 Skødstrup, Denmark

Educational Background

2018Phd-fellow, Odense University Hospital/SDU, Hematology & Oncology
2013MSc. in Biomedical Engineering (cand.scient.med.), Aarhus University. Master project: "Development of Proximity Ligation Assay for sensitive quantification of proteins in haematological malignancies", Hemodiagnostic Lab, Dept. of Hematology, AUH
2011BSc. in Molecular Biology, Aarhus University. Project: "SOX11 as a molecular marker in mantle cell lymphoma", Dept. of Hematology, AUH
2007Engineering entrance examination, Technical University of Denmark
2003Graphic designer, Copenhagen Technical College (duration: 4 years)
1999Vestre Borgerdyd, Gymnasium and Higher Preparatory Examination, Courses

Employments

2017-presentBioinformatiker/biomedicinsk ingeniør, Aarhus Universitetshospital og Odense Universitetshospital
2015-presentIndependent biomedical researcher, freelancer/entrepreneur
2013-2015Employee at Department of Hematology, Aarhus University Hospital
2007-2012Freelance work at Aarhus University, graphic design & visual communication
2007-2012Teaching assistant in "Scientific theory & Ethics of Molecular Medicine", lab instructor and visiting service at Department of Molecular Biology
2011-2013Camp co-Coordinator at the Association Greenlandic Children
2005-2007Freelancer (graphic design and programming, Rambøll, Alm. Brand, MONTAGEbureauet, Kailow Graphics etc.)
2002-2005Entrepreneur

Selected Activities

Oxford Medical Case Reports (Tidsskrift)

Marcus Celik Hansen (Redaktør)

1 jan. 2018 → …

Analysis of large datasets and being a bioinformatician

Marcus Celik Hansen (Foredragsholder)

4 okt. 2017

21st Congress of the European Hematology Association

Marcus Celik Hansen (Deltager)

9 jun. 201612 jun. 2016

Leukæmi, resekventering og moderne bioinformatik

Marcus Celik Hansen (Foredragsholder)

18 apr. 2016

EHA (European Hematology Association)

Marcus Celik Hansen (Deltager)

11 jun. 201514 jun. 2015

Lectures and presentations in cancer course, AU

Marcus Celik Hansen (Foredragsholder)

20152017

SINGLE CELL GENOMICS

Marcus Celik Hansen (Deltager)

9 sep. 201411 sep. 2014

18th Congress of European Haematology Association

Marcus Celik Hansen (Deltager)

13 jun. 201316 jun. 2013

PhD preparation course, Health AU, 2013

Marcus Celik Hansen (Deltager)

4 mar. 20135 mar. 2013

Research Funding Workshop, Health AU

Marcus Celik Hansen (Deltager)

28 feb. 2013

Young Hematologists' Education Day

Marcus Celik Hansen (Deltager)

11 jan. 2013

7th symposium of the Danish Proteomics Society (DAPSOC)

Marcus Celik Hansen (Deltager)

20 nov. 2012

Jakavi Nordic Launch Symposium

Marcus Celik Hansen (Deltager)

23 okt. 2012

Volunteering

The Association Greenlandic Children: Stationed in Greenland in 2006 (read press article at http://bit.ly/1NyE9qb) and weekend camps. Danish Red Cross Youth, UNF Biotech Camp etc.
________________________________________

Publikationer

  1. Perspective: sensitive detection of residual lymphoproliferative disease by NGS and clonal rearrangements-how low can you go?

    Hansen, M. H., Cédile, O., Larsen, T. S., Abildgaard, N. & Nyvold, C. G., jun. 2021, I: Experimental Hematology. 98, s. 14-24

    Publikation: Bidrag til tidsskrift/Konferencebidrag i tidsskrift /Bidrag til avisTidsskriftartikelForskningpeer review

  2. Myeloproliferative and lymphoproliferative malignancies occurring in the same patient: a nationwide discovery cohort

    Holst, J. M., Plesner, T. L., Pedersen, M. B., Frederiksen, H., Møller, M. B., Clausen, M. R., Hansen, M. C., Hamilton-Dutoit, S. J., Nørgaard, P., Johansen, P., Eberlein, T. R., Mortensen, B. K., Mathiasen, G., Øvlisen, A., Wang, R., Wang, C., Zhang, W., Ommen, H. B., Stentoft, J., Ludvigsen, M., Tam, W., Chan, W. C., Inghirami, G. & d'Amore, F., okt. 2020, I: Haematologica. 105, 10, s. 2432-2439 8 s.

    Publikation: Bidrag til tidsskrift/Konferencebidrag i tidsskrift /Bidrag til avisTidsskriftartikelForskningpeer review

  3. CNAplot – software for visual inspection of chromosomal copy number alteration in cancer using juxtaposed sequencing read depth ratios and variant allele frequencies

    Hansen, M. H., Hokland, P. & Nyvold, C. G., jun. 2020, I: SoftwareX. 100503.

    Publikation: Bidrag til tidsskrift/Konferencebidrag i tidsskrift /Bidrag til avisTidsskriftartikelForskningpeer review

  4. Unraveling clonal heterogeneity at the stem cell level in myelodysplastic syndrome: In pursuit of cell subsets driving disease progression

    Simonsen, A. T., Bill, M., Rosenberg, C. A., Hansen, M. H., Møller, P. L., Kjeldsen, E., Johansen, K. D., Ommen, H. B., Nederby, L., Aggerholm, A., Hokland, P. & Ludvigsen, M., maj 2020, I: Leukemia Research. 92, 4 s., 106350.

    Publikation: Bidrag til tidsskrift/Konferencebidrag i tidsskrift /Bidrag til avisLetterpeer review

  5. Workstation benchmark of Spark Capable Genome Analysis ToolKit 4 Variant Calling

    Hansen, M. H., Simonsen, A. T., Ommen, H. B. & Nyvold, C. G., maj 2020, bioRxiv, 15 s.

    Publikation: Working paperForskning

  6. Clonal hematopoiesis predicts development of therapy-related myeloid neoplasms post-autologous stem cell transplantation

    Soerensen, J. F., Aggerholm, A., Kerndrup, G. B., Hansen, M. C., Ewald, I. K. L., Bill, M., Ebbesen, L. H., Rosenberg, C. A., Hokland, P., Ludvigsen, M. & Stidsholt Roug, A., mar. 2020, I: Blood Advances. 4, 5, s. 885-892 8 s.

    Publikation: Bidrag til tidsskrift/Konferencebidrag i tidsskrift /Bidrag til avisTidsskriftartikelForskningpeer review

  7. A decade with whole exome sequencing in haematology

    Hansen, M. C., Haferlach, T. & Nyvold, C. G., feb. 2020, I: British Journal of Haematology. 188, 3, s. 367-382 16 s.

    Publikation: Bidrag til tidsskrift/Konferencebidrag i tidsskrift /Bidrag til avisReviewForskningpeer review

  8. Molecular characterization of sorted malignant B cells from patients clinically identified with mantle cell lymphoma

    Hansen, M. H., Cédile, O., Blum, M. K., Hansen, S. V., Ebbesen, L. H., Bentzen, H. H. N., Thomassen, M., Kruse, T. A., Kavan, S., Kjeldsen, E., Kristensen, T. K., Haaber, J., Abildgaard, N. & Nyvold, C. G., 2020, I: Experimental Hematology. 84, s. 7-18.e12

    Publikation: Bidrag til tidsskrift/Konferencebidrag i tidsskrift /Bidrag til avisTidsskriftartikelForskningpeer review

  9. The concept of leukaemic stem cells in acute myeloid leukaemia 25 years on: hitting a moving target

    Hokland, P., Woll, P. S., Hansen, M. C. & Bill, M., okt. 2019, I: British Journal of Haematology. 187, 2, s. 144-156 13 s.

    Publikation: Bidrag til tidsskrift/Konferencebidrag i tidsskrift /Bidrag til avisReviewForskningpeer review

  10. Acute myeloid/T‐lymphoblastic leukaemia (ATML) – a disease entity to look out for

    Hokland, P. & Hansen, M. C., apr. 2019, I: British Journal of Haematology. 185, 1, s. 178-178 1 s.

    Publikation: Bidrag til tidsskrift/Konferencebidrag i tidsskrift /Bidrag til avisKommentar/debatForskningpeer review

  11. Sensitive quantification of the intronless SOX11 mRNA from lymph nodes biopsies in mantle cell lymphoma

    Hansen, S. V., Cédile, O., Hansen, M. C., Ebbesen, L. H., Haaber, J., Abildgaard, N. & Nyvold, C. G., mar. 2019, I: Leukemia Research. 78, s. 1-2 2 s.

    Publikation: Bidrag til tidsskrift/Konferencebidrag i tidsskrift /Bidrag til avisKommentar/debatForskningpeer review

  12. Integrating detection of copy neutral chromosomal losses in a clinical setting in leukemia and lymphoma by means of allelic imbalance and read depth ratio comparison

    Hansen, M. C., Cedile, O., Ludvigsen, M., Kjeldsen, E., Moeller, P. L., Abildgaard, N., Hokland, P. & Nyvold, C. G., 1 jan. 2019, I: bioRxiv.

    Publikation: Bidrag til tidsskrift/Konferencebidrag i tidsskrift /Bidrag til avisTidsskriftartikelForskning

  13. The Development of Personalized Medicine: Acute Myeloid Leukemia as a Model

    Phikulsod, P., Owattanapanich, W., Bill, M., Rotchanapanya, W., Hansen, M. C., Hokland, M. & Hokland, P., 2019, I: Siriraj Medical Journal. 71, 5, s. 414-425 12 s.

    Publikation: Bidrag til tidsskrift/Konferencebidrag i tidsskrift /Bidrag til avisReviewForskningpeer review

  14. Therapy-Related Myeloid Neoplasms Following Autologous Stem Cell Transplantation: The Prevalence of Chip Mutations at Time of Transplantation - a Single Center Experience

    Sørensen, J. F., Aggerholm, A., Kerndrup, G. B., Hansen, M. C., Ewald, I. K. L., Ebbesen, L. H., Rosenberg, C. A., Hokland, P., Roug, A. S. & Ludvigsen, M., 1 dec. 2018.

    Publikation: KonferencebidragPosterForskning

  15. Case report: Exome sequencing identifies T-ALL with myeloid features as a IKZF1-struck early precursor T-cell malignancy

    Hansen, M. C., Nederby, L., Kjeldsen, E., Petersen, M. A., Ommen, H. B. & Hokland, P., 2018, I: Leukemia Research Reports. s. 1-4 Volume 9.

    Publikation: Bidrag til tidsskrift/Konferencebidrag i tidsskrift /Bidrag til avisTidsskriftartikelForskningpeer review

  16. Systematic evaluation of signal-to-noise ratio in variant detection from single cell genome multiple displacement amplification and exome sequencing

    Simonsen, A. T., Hansen, M. C., Kjeldsen, E., Møller, P. L., Hindkjær, J. J., Hokland, P. & Aggerholm, A., 2018, I: BMC Genomics. 19, 1, 9 s., 681.

    Publikation: Bidrag til tidsskrift/Konferencebidrag i tidsskrift /Bidrag til avisTidsskriftartikelForskningpeer review

  17. Kombination af RNA- og exomsekventering: sammenligning af somatiske mutationer på tværs af laboratoriemodaliteter i AML med normal karyotype

    Hansen, M. & Hansen, M. C., 1 maj 2017, I: Best Practice. 7, 20, s. 22-23 2 s., 5.

    Publikation: Bidrag til tidsskrift/Konferencebidrag i tidsskrift /Bidrag til avisTidsskriftartikelFormidling

  18. Differential expression levels and methylation status of ROBO1 in mantle cell lymphoma and chronic lymphocytic leukaemia

    Appe, A. J., Aggerholm, A., Hansen, M. C., Ebbesen, L. H., Hokland, P., Bentzen, H. H. N. & Nyvold, C. G., 2017, I: International Journal of Laboratory Hematology (Online). s. e70-e73

    Publikation: Bidrag til tidsskrift/Konferencebidrag i tidsskrift /Bidrag til avisTidsskriftartikelForskningpeer review

  19. Combination of RNA- and exome sequencing: Increasing specificity for identification of somatic point mutations and indels in acute leukaemia

    Hansen, M. C., Herborg, L. L., Hansen, M., Roug, A. S. & Hokland, P., 21 okt. 2016, I: Leukemia Research. 5 s.

    Publikation: Bidrag til tidsskrift/Konferencebidrag i tidsskrift /Bidrag til avisTidsskriftartikelForskningpeer review

  20. Can exome scans be expected to be part of real-time decision-making in patients with haematological cancers?

    Hokland, P., Cotter, F. E. & Hansen, M. C., aug. 2016, I: British Journal of Haematology. 174, 3, s. 486-92 7 s.

    Publikation: Bidrag til tidsskrift/Konferencebidrag i tidsskrift /Bidrag til avisTidsskriftartikelForskningpeer review

  21. EHA21 set fra et molekylærbiologisk perspektiv: Mere af det samme – bare nyt!

    Hansen, M. C., aug. 2016, I: BestPractice Hæmatologi. 17, s. 19-21 3 s.

    Publikation: Bidrag til tidsskrift/Konferencebidrag i tidsskrift /Bidrag til avisTidsskriftartikelFormidling

  22. Resolving copy number variations from existing exome SNP data without the need for sophisticated software

    Hansen, M. C., Herborg, L. L., Roug, A. S., Chotirat, S., Auewarakul, C. U., Kjeldsen, E. & Hokland, P., 15 jul. 2016.

    Publikation: KonferencebidragKonferenceabstrakt til konferenceForskningpeer review

  23. Combination of RNA- and exome-sequencing efficiently eliminates false-positive somatic point mutations and indels – exemplified by cases of CN-AML

    Herborg, L. L., Hansen, M. C., Roug, A. S. & Hokland, P., 19 maj 2016. 1 s.

    Publikation: KonferencebidragKonferenceabstrakt til konferenceForskningpeer review

  24. Om lean-tilgang ved sekventering og den hurtigst mulig vej til praktisk anvendelse

    Hansen, M. C., feb. 2016, I: BestPractice Hæmatologi. 15, 4 s.

    Publikation: Bidrag til tidsskrift/Konferencebidrag i tidsskrift /Bidrag til avisTidsskriftartikelFormidling

  25. RNA-Sequencing of Cytogenetically Normal Acute Myeloid Leukemia to Extend Routine Molecular Diagnostics

    Herborg, L. L., Hansen, M. C., Hansen, M., Roug, A. S. & Hokland, P., 3 dec. 2015, I: Blood. 126, 23, 3 s.

    Publikation: Bidrag til tidsskrift/Konferencebidrag i tidsskrift /Bidrag til avisKonferenceabstrakt i tidsskriftForskningpeer review

  26. Strengthening the Evidence of Relevant Somatic Mutations of Individual Patients by Pairing Sequencing Deduced Allelic Burden, Leukemic Blast Percent and Cluster Analysis

    Hansen, M. C., Chotirat, S., Auewarakul, C. U. & Hokland, P., 4 nov. 2015. 1 s.

    Publikation: KonferencebidragKonferenceabstrakt til konferenceForskning

  27. Hæmatologiens forandrende “landskab”: Om datamining og integreret analyse

    Hansen, M. C., aug. 2015, I: BestPractice Hæmatologi. 5. årgang, 13, s. 29-33 5 s.

    Publikation: Bidrag til tidsskrift/Konferencebidrag i tidsskrift /Bidrag til avisTidsskriftartikelFormidling

  28. An efficient computational approach to evaluate the expression profile of individual acute leukemia patients

    Hansen, M. C., Nyvold, C. G., Haferlach, T., Henriksen, M. O. B., Roug, A. S. & Hokland, P., maj 2015. 1 s.

    Publikation: KonferencebidragPosterForskningpeer review

  29. Nature and nurture: a case of transcending haematological pre-malignancies in a pair of monozygotic twins adding possible clues on the pathogenesis of B-cell proliferations

    Hansen, M. C., Nyvold, C. G., Roug, A. S., Kjeldsen, E., Villesen, P., Nederby, L. & Hokland, P., 5 mar. 2015, I: British Journal of Haematology. 169, 3, s. 391–400 10 s.

    Publikation: Bidrag til tidsskrift/Konferencebidrag i tidsskrift /Bidrag til avisTidsskriftartikelForskningpeer review

  30. Novel scripts for improved annotation and selection of variants from whole exome sequencing in cancer research

    Hansen, M. C., Nederby, L., Roug, A., Villesen, P., Kjeldsen, E., Nyvold, C. G. & Hokland, P., 2015, I: MethodsX. 2, s. 145-53 9 s.

    Publikation: Bidrag til tidsskrift/Konferencebidrag i tidsskrift /Bidrag til avisTidsskriftartikelForskningpeer review

  31. Diagnosing and following adult patients with acute myeloid leukaemia in the genomic age

    Roug, A. S., Hansen, M. C., Nederby, L. & Hokland, P., 7 aug. 2014, I: British Journal of Haematology.

    Publikation: Bidrag til tidsskrift/Konferencebidrag i tidsskrift /Bidrag til avisTidsskriftartikelForskningpeer review

  32. Sensitive ligand-based protein quantification using immuno-PCR: A critical review of single-probe and proximity ligation assays

    Hansen, M. C., Nederby, L., Henriksen, M. O-B., Hansen, M. & Nyvold, C. G., maj 2014, I: BioTechniques. 56, 5, s. 217-28 12 s.

    Publikation: Bidrag til tidsskrift/Konferencebidrag i tidsskrift /Bidrag til avisTidsskriftartikelForskningpeer review

  33. Delineation of Known and New Transcript Variants of the SETMAR (Metnase) Gene and the Expression Profile in Hematological Neoplasms

    Jeyaratnam, D. C., Baduin, B. S., Hansen, M. C., Hansen, M., Jørgensen, J. M., Aggerholm, A., Ommen, H. B., Hokland, P. & Nyvold, C. G., 4 mar. 2014, I: Experimental Hematology. 42, 6, s. 448-456

    Publikation: Bidrag til tidsskrift/Konferencebidrag i tidsskrift /Bidrag til avisTidsskriftartikelForskningpeer review

  34. Mobiltelefoner 
og hygiejne

    Hansen, M. C. & Henriksen, M. O. B., apr. 2013, I: Ugeskift for Læger. 175, 17, 1 s.

    Publikation: Bidrag til tidsskrift/Konferencebidrag i tidsskrift /Bidrag til avisTidsskriftartikelFormidling

  35. Kinetics of del(7q) driven leukemogenesis in a patient with JAK2 V617F and TET2 mutated chronic myeloproliferative neoplasm

    Herborg, L. L., Nederby, L., Kjeldsen, E., Grønbæk, K., Hokland, P., Hansen, M., Celik Hansen, M. & Roug, A. S., 2013, I: Leukemia Research Reports. 2, 2, s. 51-3 3 s.

    Publikation: Bidrag til tidsskrift/Konferencebidrag i tidsskrift /Bidrag til avisTidsskriftartikelForskningpeer review

  36. SOX11 som molekylær markør ved mantle celle lymfom: Molekylærbiologisk bachelorproject

    Hansen, M. C., 2010

    Publikation: Bog/antologi/afhandling/rapportRapportForskning

Manuscripts in progress

1Exome sequencing identifies T-ALL with myeloid features as a IKZF1-struck early precursor T-cell malignancy, Hansen et al., Medical Case Report, Leukemia Research Reports [submitted, reviewed]
2Systematic evaluation of signal-to-noise ratio of genetic variant detection in single cellgenome amplification and sequencing: towards minimum requirements for publication, Simonsen & Hansen et al. BMC Genomics [in review]
3VariFant: A lightweight graphical user interface software for NGS variant data handling and analysis, Hansen et al. [ready for submission]
4:High quality variant alleles approximates Gaussian distribution and are predictive of large unbalanced cytogenic aberrations in leukemia and lymphoma samples, paired or unpaired, Hansen et al. [in progress]