PhD projekt: Udredning af synbiotiske interaktioner ved hjælp af system biologiske metoder
Universitet: Aarhus Universitet
Institut: Institut for Fødevarer
Vejleder: Hanne C. Bertram, Professor
Medvejleder: Ulrik K. Sundekilde, Postdoc
Eksterne vejledere: Dennis Sandris Nielsen, Institut for Fødevarevidenskab, Københavns Universitet; Henrik J. Andersen, Arla Food Ingredients
Projekt periode: 01.05.16 – 30.04.19
Kandidatgrad: MSc in Molecular Nutrition and Food Technology, Aarhus Universitet

BAGGRUND
Menneskets tarmflora er vigtig for tarmens sundhed og er endda blevet betragtet som et selvstændigt organ i den menneskelige vært. I genetisk disponerede individer kan en gruppe af patogene bakterier skabe en unormal tarmflora, der bidrager til ændringer i immun systemet og det lokale mucosalag, hvilket kan føre til gastrointestinalle sygdomme. Pre- og probiotika besidder evnen til at påvirke de patologiske ændringer af mikrobiotaen og den lokale immunitet. Mejeriprodukter indeholder både pre- og probiotika. Til trods for et stigende forbrug, er de molekylære detaljer i indvirkningen af pre- og probiotika på mikrobiotaen samt den menneskelige vært, mangelfulde.

FORMÅL
Formålet med nærværende PhD projekt er at opnå en bedre molekylær forståelse af mikrobe-mikrobe og mikrobe-vært interaktioner ved anvendelse af system biologiske metoder baseret på metabolomics som den fundamentale metode.

FORSKNINGEN I HOVEDTRÆK
Det forventes at inkludere både in vivo og in vitro studier i projektet.

In vivo-studierne vil være baseret på muse-modeller for at skabe et forenklet og defineret model system til undersøgelse af sammensætningen af tarmfloraen og effekten af at tilsætte pre- og probiotika. 

In vivo-studierne suppleres med in vitro studier for at undersøge de detaljerede næringsstofsmedierede mikrobielle interaktioner. Disse studier baseres på NMR spektroskopiske analyser og omfatter isotop-mærkede substrater og inddrager mono- og co-kulturer for at undersøge de detaljerede interaktioner mellem bakterielle stammer. NMR metabolomics er en eksplorativ metode til at studere metabolit profiler i dynamiske systemer. Teknikken faciliterer endvidere behandling og analyse af store mængder metaboliske data.
 

SAMARBEJDSPARTNERE
Arla Food Ingredients, Aarhus