Jakob Skou Pedersen

  1. 2022
  2. Udgivet

    Error Characterization and Statistical Modeling Improves Circulating Tumor DNA Detection by Droplet Digital PCR. / Henriksen, Tenna V; Drue, Simon O; Frydendahl, Amanda et al.

    I: Clinical Chemistry, Bind 68, Nr. 5, 05.2022, s. 657-667.

    Publikation: Bidrag til tidsskrift/Konferencebidrag i tidsskrift /Bidrag til avisTidsskriftartikelForskningpeer review

  3. Udgivet

    Author Correction : Molecular correlates of cisplatin-based chemotherapy response in muscle invasive bladder cancer by integrated multi-omics analysis. / Taber, Ann; Christensen, Emil; Lamy, Philippe et al.

    I: Nature Communications, Bind 13, Nr. 1, 1916, 04.2022.

    Publikation: Bidrag til tidsskrift/Konferencebidrag i tidsskrift /Bidrag til avisKommentar/debat/letter to the editorForskningpeer review

  4. Udgivet

    The transcriptional landscape and biomarker potential of circular RNAs in prostate cancer. / Hansen, Emma Kirstine Bollmann; Fredsøe, Jacob Hesselvig; Okholm, Trine Line Hauge et al.

    I: Genome Medicine, Bind 14, Nr. 1, 8, 01.2022.

    Publikation: Bidrag til tidsskrift/Konferencebidrag i tidsskrift /Bidrag til avisTidsskriftartikelForskningpeer review

  5. 2021
  6. Udgivet

    The landscape and driver potential of site-specific hotspots across cancer genomes. / Juul, Randi Istrup; Nielsen, Morten Muhlig; Juul, Malene et al.

    I: npj Genomic Medicine, Bind 6, Nr. 1, 33, 05.2021.

    Publikation: Bidrag til tidsskrift/Konferencebidrag i tidsskrift /Bidrag til avisTidsskriftartikelForskningpeer review

  7. Udgivet

    miRNA activity inferred from single cell mRNA expression. / Nielsen, Morten Muhlig; Pedersen, Jakob Skou.

    I: Scientific Reports, Bind 11, Nr. 1, 9170, 04.2021.

    Publikation: Bidrag til tidsskrift/Konferencebidrag i tidsskrift /Bidrag til avisTidsskriftartikelForskningpeer review

  8. 2020
  9. Udgivet

    Cancer LncRNA Census reveals evidence for deep functional conservation of long noncoding RNAs in tumorigenesis. / Carlevaro-Fita, Joana; Lanzós, Andrés; Feuerbach, Lars et al.

    I: Communications Biology, Bind 3, Nr. 1, 56, 01.12.2020.

    Publikation: Bidrag til tidsskrift/Konferencebidrag i tidsskrift /Bidrag til avisTidsskriftartikelForskningpeer review

  10. Udgivet

    High-coverage whole-genome analysis of 1220 cancers reveals hundreds of genes deregulated by rearrangement-mediated cis-regulatory alterations. / Zhang, Yiqun; Chen, Fengju; Fonseca, Nuno A. et al.

    I: Nature Communications, Bind 11, Nr. 1, 736, 01.12.2020.

    Publikation: Bidrag til tidsskrift/Konferencebidrag i tidsskrift /Bidrag til avisTidsskriftartikelForskningpeer review

  11. Udgivet

    Transcriptome-wide profiles of circular RNA and RNA-binding protein interactions reveal effects on circular RNA biogenesis and cancer pathway expression. / Okholm, Trine Line Hauge; Sathe, Shashank; Park, Samuel S. et al.

    I: Genome Medicine, Bind 12, Nr. 112, 112, 12.2020.

    Publikation: Bidrag til tidsskrift/Konferencebidrag i tidsskrift /Bidrag til avisTidsskriftartikelForskningpeer review

  12. Udgivet

    Molecular correlates of cisplatin-based chemotherapy response in muscle invasive bladder cancer by integrated multi-omics analysis. / Taber, Ann; Christensen, Emil; Lamy, Philippe et al.

    I: Nature Communications, Bind 11, Nr. 1, 4858, 09.2020.

    Publikation: Bidrag til tidsskrift/Konferencebidrag i tidsskrift /Bidrag til avisTidsskriftartikelForskningpeer review

  13. Udgivet

    Sex differences in oncogenic mutational processes. / Li, Constance H.; Prokopec, Stephenie D.; Sun, Ren X. et al.

    I: Nature Communications, Bind 11, 4330, 08.2020.

    Publikation: Bidrag til tidsskrift/Konferencebidrag i tidsskrift /Bidrag til avisTidsskriftartikelForskningpeer review

  14. Udgivet

    Epigenetic and transcriptomic consequences of excess X-chromosome material in 47,XXX syndrome-A comparison with Turner syndrome and 46,XX females. / Nielsen, Morten Muhlig; Trolle, Christian; Vang, Søren et al.

    I: American Journal of Medical Genetics. Part C: Seminars in Medical Genetics, Bind 184, Nr. 2, 06.2020, s. 279-293.

    Publikation: Bidrag til tidsskrift/Konferencebidrag i tidsskrift /Bidrag til avisTidsskriftartikelForskningpeer review

  15. Udgivet

    Passenger Mutations in More Than 2,500 Cancer Genomes : Overall Molecular Functional Impact and Consequences. / Kumar, Sushant; Warrell, Jonathan; Li, Shantao et al.

    I: Cell, Bind 180, Nr. 5, 03.2020, s. 915-927.e16.

    Publikation: Bidrag til tidsskrift/Konferencebidrag i tidsskrift /Bidrag til avisTidsskriftartikelForskningpeer review

  16. Udgivet

    Genomic basis for RNA alterations in cancer. / PCAWG Transcriptome Core Group; PCAWG Transcriptome Working Group; PCAWG Consortium.

    I: Nature, Bind 578, Nr. 7793, 06.02.2020, s. 129-136.

    Publikation: Bidrag til tidsskrift/Konferencebidrag i tidsskrift /Bidrag til avisTidsskriftartikelForskningpeer review

  17. Udgivet

    Analyses of non-coding somatic drivers in 2,658 cancer whole genomes. / Rheinbay, Esther; Nielsen, Morten Muhlig; Abascal, Federico et al.

    I: Nature, Bind 578, Nr. 7793, 02.2020, s. 102-111.

    Publikation: Bidrag til tidsskrift/Konferencebidrag i tidsskrift /Bidrag til avisTidsskriftartikelForskningpeer review

  18. Udgivet

    Pan-cancer analysis of whole genomes. / The ICGC/TCGA Pan-Cancer Analysis of Whole Genomes Consortium.

    I: Nature, Bind 578, Nr. 7793, 02.2020, s. 82-93.

    Publikation: Bidrag til tidsskrift/Konferencebidrag i tidsskrift /Bidrag til avisTidsskriftartikelForskningpeer review

  19. Udgivet

    Combined burden and functional impact tests for cancer driver discovery using DriverPower. / Shuai, Shimin; PCAWG Drivers and Functional Interpretation Working Group; Gallinger, Steven et al.

    I: Nature Communications, Bind 11, Nr. 1, 734, 2020.

    Publikation: Bidrag til tidsskrift/Konferencebidrag i tidsskrift /Bidrag til avisTidsskriftartikelForskningpeer review

  20. Udgivet

    Integrative pathway enrichment analysis of multivariate omics data. / Paczkowska, Marta; Barenboim, Jonathan; Sintupisut, Nardnisa et al.

    I: Nature Communications, Bind 11, Nr. 1, 735, 2020.

    Publikation: Bidrag til tidsskrift/Konferencebidrag i tidsskrift /Bidrag til avisTidsskriftartikelForskningpeer review

  21. Udgivet

    Pathway and network analysis of more than 2500 whole cancer genomes. / Reyna, Matthew A.; Haan, David; Paczkowska, Marta et al.

    I: Nature Communications, Bind 11, Nr. 1, 729, 2020.

    Publikation: Bidrag til tidsskrift/Konferencebidrag i tidsskrift /Bidrag til avisTidsskriftartikelForskningpeer review

  22. Udgivet

    Retrospective evaluation of whole exome and genome mutation calls in 746 cancer samples. / Bailey, Matthew H.; Meyerson, William U.; Dursi, Lewis Jonathan et al.

    I: Nature Communications, Bind 11, Nr. 1, 4748, 2020.

    Publikation: Bidrag til tidsskrift/Konferencebidrag i tidsskrift /Bidrag til avisTidsskriftartikelForskningpeer review

  23. 2019
  24. Udgivet

    EBADIMEX : an empirical Bayes approach to detect joint differential expression and methylation and to classify samples. / Madsen, Tobias; Świtnicki, Michał; Juul, Malene et al.

    I: Statistical Applications in Genetics and Molecular Biology, Bind 18, Nr. 6, 20180050, 12.2019.

    Publikation: Bidrag til tidsskrift/Konferencebidrag i tidsskrift /Bidrag til avisTidsskriftartikelForskningpeer review

  25. Udgivet

    ncdDetect2 : Improved models of the site-specific mutation rate in cancer and driver detection with robust significance evaluation. / Juul, Malene; Madsen, Tobias; Guo, Qianyun et al.

    I: Bioinformatics, Bind 35, Nr. 2, 15.01.2019, s. 189-199.

    Publikation: Bidrag til tidsskrift/Konferencebidrag i tidsskrift /Bidrag til avisTidsskriftartikelForskningpeer review

  26. Udgivet

    Deficiency of nucleotide excision repair is associated with mutational signature observed in cancer. / Jager, Myrthe; Blokzijl, Francis; Kuijk, Ewart et al.

    I: Genome Research, Bind 29, Nr. 7, 2019, s. 1067-1077.

    Publikation: Bidrag til tidsskrift/Konferencebidrag i tidsskrift /Bidrag til avisTidsskriftartikelForskningpeer review

  27. 2018
  28. Udgivet

    Optimized targeted sequencing of cell-free plasma DNA from bladder cancer patients. / Christensen, Emil; Nordentoft, Iver; Vang, Søren et al.

    I: Scientific Reports, Bind 8, Nr. 1, 1917, 01.12.2018.

    Publikation: Bidrag til tidsskrift/Konferencebidrag i tidsskrift /Bidrag til avisTidsskriftartikelForskningpeer review

  29. Udgivet

    APD-Containing Cyclolipodepsipeptides Target Mitochondrial Function in Hypoxic Cancer Cells. / Jacobsen, Kristian Mark; Villadsen, Nikolaj Lilholm; Tørring, Thomas et al.

    I: Cell Chemical Biology, Bind 25, Nr. 11, 11.2018, s. 1337-1349.e12.

    Publikation: Bidrag til tidsskrift/Konferencebidrag i tidsskrift /Bidrag til avisTidsskriftartikelForskningpeer review

  30. Udgivet

    DNA hypermethylation and differential gene expression associated with Klinefelter syndrome. / Skakkebæk, Anne; Nielsen, Morten Muhlig; Trolle, Christian et al.

    I: Scientific Reports, Bind 8, Nr. 1, 13740, 13.09.2018.

    Publikation: Bidrag til tidsskrift/Konferencebidrag i tidsskrift /Bidrag til avisTidsskriftartikelForskningpeer review

  31. Udgivet

    A site specific model and analysis of the neutral somatic mutation rate in whole-genome cancer data. / Bertl, Johanna; Guo, Qianyun; Juul, Malene et al.

    I: BMC Bioinformatics , Bind 19, Nr. 147, 19.04.2018.

    Publikation: Bidrag til tidsskrift/Konferencebidrag i tidsskrift /Bidrag til avisTidsskriftartikelForskningpeer review

  32. Udgivet

    Pan-cancer screen for mutations in non-coding elements with conservation and cancer specificity reveals correlations with expression and survival. / Hornshøj, Henrik; Nielsen, Morten Muhlig; Sinnott-Armstrong, Nicholas A et al.

    I: npj Genomic Medicine, Bind 3, 11.01.2018, s. 1.

    Publikation: Bidrag til tidsskrift/Konferencebidrag i tidsskrift /Bidrag til avisTidsskriftartikelForskningpeer review

  33. Udgivet

    Regmex : A statistical tool for exploring motifs in ranked sequence lists from genomics experiments. / Nielsen, Morten Muhlig; Tataru, Paula; Madsen, Tobias et al.

    I: Algorithms for Molecular Biology, Bind 13, Nr. 1, 17, 2018.

    Publikation: Bidrag til tidsskrift/Konferencebidrag i tidsskrift /Bidrag til avisTidsskriftartikelForskningpeer review

  34. 2017
  35. Udgivet

    Circular RNA expression is abundant and correlated to aggressiveness in early-stage bladder cancer. / Okholm, Trine Line Hauge; Nielsen, Morten Muhlig; Hamilton, Mark et al.

    I: npj Genomic Medicine, Bind 2, 36, 28.11.2017.

    Publikation: Bidrag til tidsskrift/Konferencebidrag i tidsskrift /Bidrag til avisTidsskriftartikelForskningpeer review

  36. Udgivet

    A Site Specific Model And Analysis Of The Neutral Somatic Mutation Rate In Whole-Genome Cancer Data. / Bertl, Johanna; Guo, Qianyun; Rasmussen, Malene Juul et al.

    2017.

    Publikation: Working paper/Preprint Working paperForskningpeer review

  37. Udgivet

    Non-coding cancer driver candidates identified with a sample- and position-specific model of the somatic mutation rate. / Rasmussen, Malene Juul; Bertl, Johanna; Guo, Qianyun et al.

    I: eLife, Bind 6, 31.03.2017.

    Publikation: Bidrag til tidsskrift/Konferencebidrag i tidsskrift /Bidrag til avisTidsskriftartikelForskningpeer review

  38. Udgivet

    Significance evaluation in factor graphs. / Madsen, Tobias; Hobolth, Asger; Jensen, Jens Ledet et al.

    I: BMC Bioinformatics , Bind 18, 31.03.2017, s. 199.

    Publikation: Bidrag til tidsskrift/Konferencebidrag i tidsskrift /Bidrag til avisTidsskriftartikelForskningpeer review

  39. Udgivet

    epiG : statistical inference and profiling of DNA methylation from whole-genome bisulfite sequencing data. / Vincent, Martin; Mundbjerg, Kamilla; Skou Pedersen, Jakob et al.

    I: Genome Biology (Online Edition), Bind 18, Nr. 1, 21.02.2017, s. 38.

    Publikation: Bidrag til tidsskrift/Konferencebidrag i tidsskrift /Bidrag til avisTidsskriftartikelForskningpeer review

  40. Udgivet

    RHCG and TCAF1 promoter hypermethylation predicts biochemical recurrence in prostate cancer patients treated by radical prostatectomy. / Strand, Siri; Switnicki, Michal; Moller, Mia et al.

    I: OncoTarget, Bind 8, Nr. 4, 2017, s. 5774-5788.

    Publikation: Bidrag til tidsskrift/Konferencebidrag i tidsskrift /Bidrag til avisTidsskriftartikelForskningpeer review

  41. 2016
  42. Udgivet

    SNHG5 promotes colorectal cancer cell survival by counteracting STAU1-mediated mRNA destabilization. / Damas, Nkerorema Djodji; Marcatti, Michela; Côme, Christophe et al.

    I: Nature Communications, Bind 7, 22.12.2016, s. 13875.

    Publikation: Bidrag til tidsskrift/Konferencebidrag i tidsskrift /Bidrag til avisTidsskriftartikelForskningpeer review

  43. Udgivet

    Widespread DNA hypomethylation and differential gene expression in Turner syndrome. / Trolle, Christian; Nielsen, Morten Muhlig; Skakkebæk, Anne et al.

    I: Scientific Reports, Bind 6, 34220, 01.10.2016.

    Publikation: Bidrag til tidsskrift/Konferencebidrag i tidsskrift /Bidrag til avisTidsskriftartikelForskningpeer review

  44. Udgivet

    Fast, accurate and automatic ancient nucleosome and methylation maps with epiPALEOMIX. / Hanghøj, Kristian; Seguin, Andaine; Schubert, Mikkel et al.

    I: Molecular Biology and Evolution, Bind 33, Nr. 12, 13.09.2016, s. 3284-3298.

    Publikation: Bidrag til tidsskrift/Konferencebidrag i tidsskrift /Bidrag til avisTidsskriftartikelForskningpeer review

  45. Udgivet

    miR-625-3p regulates oxaliplatin resistance by targeting MAP2K6-p38 signalling in human colorectal adenocarcinoma cells. / Rasmussen, Mads Heilskov; Lyskjær, Iben; Jersie-Christensen, Rosa Rakownikow et al.

    I: Nature Communications, Bind 7, 16.08.2016.

    Publikation: Bidrag til tidsskrift/Konferencebidrag i tidsskrift /Bidrag til avisTidsskriftartikelForskningpeer review

  46. Udgivet

    Comprehensive Transcriptional Analysis of Early-Stage Urothelial Carcinoma. / Hedegaard, Jakob; Lamy, Philippe; Nordentoft, Iver et al.

    I: Cancer Cell, Bind 30, Nr. 1, 11.07.2016, s. 27–42.

    Publikation: Bidrag til tidsskrift/Konferencebidrag i tidsskrift /Bidrag til avisTidsskriftartikelForskningpeer review

  47. Udgivet

    SNHG16 is regulated by the Wnt pathway in colorectal cancer and affects genes involved in lipid metabolism. / Christensen, Lise-Lotte; True, Kirsten Kallesøe; Hamilton, M.P. et al.

    I: Molecular Oncology, Bind 10, Nr. 8, 26.06.2016, s. 1266-1282.

    Publikation: Bidrag til tidsskrift/Konferencebidrag i tidsskrift /Bidrag til avisTidsskriftartikelForskningpeer review

  48. Udgivet

    ProbFold : a probabilistic method for integration of probing data in RNA secondary structure prediction. / Sahoo, Sudhakar; Świtnicki, Michał P; Pedersen, Jakob Skou.

    I: Bioinformatics, Bind 32, Nr. 17, 21.04.2016, s. 2626-2635.

    Publikation: Bidrag til tidsskrift/Konferencebidrag i tidsskrift /Bidrag til avisTidsskriftartikelForskningpeer review

  49. Udgivet

    PINCAGE : Probabilistic integration of cancer genomics data for perturbed gene identification and sample classification. / Świtnicki, Michał P; Rasmussen, Malene Juul; Madsen, Tobias et al.

    I: Bioinformatics, Bind 32, Nr. 9, 06.01.2016, s. 1353-1365.

    Publikation: Bidrag til tidsskrift/Konferencebidrag i tidsskrift /Bidrag til avisTidsskriftartikelForskningpeer review

  50. Udgivet

    Analysis of circulating tumour DNA to monitor disease burden following colorectal cancer surgery. / Reinert, Thomas; Schøler, Lone Vedel; Thomsen, Rune et al.

    I: Gut, Bind 65, Nr. 4, 2016.

    Publikation: Bidrag til tidsskrift/Konferencebidrag i tidsskrift /Bidrag til avisTidsskriftartikelForskningpeer review

  51. Udgivet

    Motif discovery in ranked lists of sequences. / Nielsen, Morten Muhlig; Tataru, Paula; Madsen, Tobias et al.

    2016. s. 1-4.

    Publikation: Working paper/Preprint Working paperForskning

  52. 2015
  53. Udgivet

    The lncRNA MIR31HG regulates p16(INK4A) expression to modulate senescence. / Montes, Marta; Nielsen, Morten M.; Maglieri, Giulia et al.

    I: Nature Communications, Bind 6, 6967, 04.2015.

    Publikation: Bidrag til tidsskrift/Konferencebidrag i tidsskrift /Bidrag til avisTidsskriftartikelForskningpeer review

  54. 2014
  55. Udgivet

    SNPest : a probabilistic graphical model for estimating genotypes. / Lindgreen, Stinus; Krogh, Anders; Pedersen, Jakob Skou.

    I: BMC Research Notes, Bind 7, 07.10.2014, s. 698.

    Publikation: Bidrag til tidsskrift/Konferencebidrag i tidsskrift /Bidrag til avisTidsskriftartikelForskningpeer review

  56. Udgivet

    Cellular Disposal of miR23b by RAB27-Dependent Exosome Release Is Linked to Acquisition of Metastatic Properties. / Ostenfeld, Marie Stampe; Jeppesen, Dennis K; Laurberg, Jens R et al.

    I: Cancer Research, Bind 74, Nr. 20, 26.09.2014, s. 5758-5771.

    Publikation: Bidrag til tidsskrift/Konferencebidrag i tidsskrift /Bidrag til avisTidsskriftartikelForskningpeer review

  57. Udgivet

    A dual program for translation regulation in cellular proliferation and differentiation. / Gingold, Hila; Tehler, Disa; Christoffersen, Nanna R et al.

    I: Cell, Bind 158, Nr. 6, 11.09.2014, s. 1281-92.

    Publikation: Bidrag til tidsskrift/Konferencebidrag i tidsskrift /Bidrag til avisTidsskriftartikelForskningpeer review

  58. Udgivet

    Mutational context and diverse clonal development in early and late bladder cancer : Genomic changes in bladder cancer. / Nordentoft, Iver Kristiansen; Lamy, Philippe; Birkenkamp-Demtröder, Karin et al.

    I: Cell Reports, Bind 7, Nr. 5, 12.06.2014, s. 1649–1663.

    Publikation: Bidrag til tidsskrift/Konferencebidrag i tidsskrift /Bidrag til avisTidsskriftartikelForskningpeer review

  59. Udgivet

    Next-generation sequencing of RNA and DNA isolated from paired fresh-frozen and formalin-fixed paraffin-embedded samples of human cancer and normal tissue. / Hedegaard, Jakob; Thorsen, Kasper; Lund, Mette Katrine et al.

    I: PLOS ONE, Bind 9, Nr. 5, 30.05.2014, s. e98187.

    Publikation: Bidrag til tidsskrift/Konferencebidrag i tidsskrift /Bidrag til avisTidsskriftartikelForskningpeer review

  60. Udgivet

    Genome and RNA sequencing identifies fusion transcripts in bladder cancer. / Nordentoft, Iver Kristiansen; Birkenkamp-Demtröder, Karin; Lamy, Philippe et al.

    2014. Abstract fra AACR Annual Meeting 2014, San Diego, California, USA.

    Publikation: KonferencebidragKonferenceabstrakt til konferenceForskningpeer review

  61. Udgivet

    Identification of expressed and conserved human noncoding RNAs. / Nielsen, Morten Muhlig; Theler, Disa; Vang, Søren et al.

    I: RNA, Bind 20, Nr. 2, 20.02.2014, s. 236-251.

    Publikation: Bidrag til tidsskrift/Konferencebidrag i tidsskrift /Bidrag til avisTidsskriftartikelForskningpeer review

  62. Udgivet

    Genome-wide nucleosome map and cytosine methylation levels of an ancient human genome. / Pedersen, Jakob Skou; Valen, Eivind; Velazquez, Amhed M Vargas et al.

    I: Genome Research, Bind 24, 2014, s. 454-466.

    Publikation: Bidrag til tidsskrift/Konferencebidrag i tidsskrift /Bidrag til avisTidsskriftartikelForskningpeer review

  63. 2013
  64. Udgivet

    Whole genome and transcriptome analysis reveals novel genomic alterations in bladder cancer. / Nordentoft, Iver Kristiansen; Lamy, Philippe; Birkenkamp-Demtröder, Karin et al.

    2013. Poster session præsenteret ved American Association for Cancer Research, Washington, DC, USA.

    Publikation: KonferencebidragPosterForskningpeer review

  65. 2011
  66. Udgivet

    Tumor-specific usage of alternative transcription start sites in colorectal cancer identified by genome-wide exon array analysis. / Thorsen, Kasper; Schepeler, Troels; Øster, Bodil et al.

    I: B M C Genomics, Bind 12, Nr. 1, 14.10.2011, s. 505.

    Publikation: Bidrag til tidsskrift/Konferencebidrag i tidsskrift /Bidrag til avisTidsskriftartikelForskningpeer review

  67. Udgivet

    A high-resolution map of human evolutionary constraint using 29 mammals. / Lindblad-Toh, Kerstin; Garber, Manuel; Zuk, Or et al.

    I: Nature, Bind 478, Nr. 7370, 2011, s. 476-82.

    Publikation: Bidrag til tidsskrift/Konferencebidrag i tidsskrift /Bidrag til avisTidsskriftartikelForskningpeer review

  68. Udgivet

    Locating protein-coding sequences under selection for additional, overlapping functions in 29 mammalian genomes. / Lin, Michael F; Kheradpour, Pouya; Washietl, Stefan et al.

    I: Genome Research, Bind 21, Nr. 11, 2011, s. 1916-28.

    Publikation: Bidrag til tidsskrift/Konferencebidrag i tidsskrift /Bidrag til avisTidsskriftartikelForskningpeer review

  69. Udgivet

    New families of human regulatory RNA structures identified by comparative analysis of vertebrate genomes. / Parker, Brian John; Moltke, Ida; Roth, Adam Anders Edvin et al.

    I: Genome Research, Bind 21, Nr. 11, 2011, s. 1929-43.

    Publikation: Bidrag til tidsskrift/Konferencebidrag i tidsskrift /Bidrag til avisTidsskriftartikelForskningpeer review

  70. 2009
  71. Udgivet

    Posttranscriptional crossregulation between Drosha and DGCR8. / Han, Jinju; Pedersen, Jakob Skou; Kwon, S Chul et al.

    I: Cell, Bind 136, Nr. 1, 2009, s. 75-84.

    Publikation: Bidrag til tidsskrift/Konferencebidrag i tidsskrift /Bidrag til avisTidsskriftartikelForskningpeer review

  72. 2008
  73. Udgivet

    The UCSC Genome Browser Database : 2008 update. / Karolchik, D; Kuhn, R M; Baertsch, R et al.

    I: Nucleic Acids Research, Bind 36, Nr. Database issue, 2008, s. D773-9.

    Publikation: Bidrag til tidsskrift/Konferencebidrag i tidsskrift /Bidrag til avisTidsskriftartikelForskningpeer review

  74. 2007
  75. Udgivet

    Discovery of functional elements in 12 Drosophila genomes using evolutionary signatures. / Stark, Alexander; Lin, Michael F; Kheradpour, Pouya et al.

    I: Nature, Bind 450, Nr. 7167, 2007, s. 219-32.

    Publikation: Bidrag til tidsskrift/Konferencebidrag i tidsskrift /Bidrag til avisTidsskriftartikelForskningpeer review

  76. Udgivet

    Editing modifies the GABA(A) receptor subunit alpha3. / Ohlson, Johan; Pedersen, Jakob Skou; Haussler, David et al.

    I: RNA, Bind 13, Nr. 5, 2007, s. 698-703.

    Publikation: Bidrag til tidsskrift/Konferencebidrag i tidsskrift /Bidrag til avisTidsskriftartikelForskningpeer review

  77. Udgivet

    Evolution of genes and genomes on the Drosophila phylogeny. / Clark, Andrew G; Eisen, Michael B; Smith, Douglas R et al.

    I: Nature, Bind 450, Nr. 7167, 2007, s. 203-18.

    Publikation: Bidrag til tidsskrift/Konferencebidrag i tidsskrift /Bidrag til avisTidsskriftartikelForskningpeer review

  78. Udgivet

    Identification and analysis of functional elements in 1% of the human genome by the ENCODE pilot project. / Birney, Ewan; Stamatoyannopoulos, John A; Dutta, Anindya et al.

    I: Nature, Bind 447, Nr. 7146, 2007, s. 799-816.

    Publikation: Bidrag til tidsskrift/Konferencebidrag i tidsskrift /Bidrag til avisTidsskriftartikelForskningpeer review

  79. Udgivet

    Structured RNAs in the ENCODE selected regions of the human genome. / Washietl, Stefan; Pedersen, Jakob Skou; Korbel, Jan O et al.

    I: Genome Research, Bind 17, Nr. 6, 2007, s. 852-64.

    Publikation: Bidrag til tidsskrift/Konferencebidrag i tidsskrift /Bidrag til avisTidsskriftartikelForskningpeer review

  80. Udgivet

    The UCSC genome browser database : update 2007. / Kuhn, R M; Karolchik, D; Zweig, A S et al.

    I: Nucleic Acids Research, Bind 35, Nr. Database issue, 2007, s. D668-73.

    Publikation: Bidrag til tidsskrift/Konferencebidrag i tidsskrift /Bidrag til avisTidsskriftartikelForskningpeer review

  81. 2006
  82. Udgivet

    An RNA gene expressed during cortical development evolved rapidly in humans. / Pollard, Katherine S; Salama, Sofie R; Lambert, Nelle et al.

    I: Nature, Bind 443, Nr. 7108, 2006, s. 167-72.

    Publikation: Bidrag til tidsskrift/Konferencebidrag i tidsskrift /Bidrag til avisTidsskriftartikelForskningpeer review

  83. Udgivet

    Forces shaping the fastest evolving regions in the human genome. / Pollard, Katherine S; Salama, Sofie R; King, Bryan et al.

    I: PLoS genetics, Bind 2, Nr. 10, 2006, s. e168.

    Publikation: Bidrag til tidsskrift/Konferencebidrag i tidsskrift /Bidrag til avisTidsskriftartikelForskningpeer review

  84. Udgivet

    Identification and classification of conserved RNA secondary structures in the human genome. / Pedersen, Jakob Skou; Bejerano, Gill; Siepel, Adam et al.

    I: P L o S Computational Biology (Online), Bind 2, Nr. 4, 2006, s. e33.

    Publikation: Bidrag til tidsskrift/Konferencebidrag i tidsskrift /Bidrag til avisTidsskriftartikelForskningpeer review

  85. Udgivet

    The UCSC Genome Browser Database : update 2006. / Hinrichs, A S; Karolchik, D; Baertsch, R et al.

    I: Nucleic Acids Research, Bind 34, Nr. Database issue, 2006, s. D590-8.

    Publikation: Bidrag til tidsskrift/Konferencebidrag i tidsskrift /Bidrag til avisTidsskriftartikelForskningpeer review

  86. 2005
  87. Udgivet

    Evolutionarily conserved elements in vertebrate, insect, worm, and yeast genomes. / Siepel, Adam; Bejerano, Gill; Pedersen, Jakob Skou et al.

    I: Genome Research, Bind 15, Nr. 8, 2005, s. 1034-50.

    Publikation: Bidrag til tidsskrift/Konferencebidrag i tidsskrift /Bidrag til avisTidsskriftartikelForskningpeer review

  88. 2004
  89. Udgivet

    A comparative method for finding and folding RNA secondary structures within protein-coding regions. / Pedersen, Jakob Skou; Meyer, Irmtraud Margret; Forsberg, Roald et al.

    I: Nucleic Acids Research, Bind 32, Nr. 16, 2004, s. 4925-36.

    Publikation: Bidrag til tidsskrift/Konferencebidrag i tidsskrift /Bidrag til avisTidsskriftartikelForskningpeer review

  90. 2003
  91. Udgivet

    Gene finding with a hidden Markov model of genome structure and evolution. / Pedersen, Jakob Skou; Hein, Jotun.

    I: Bioinformatics, Bind 19, Nr. 2, 2003, s. 219-27.

    Publikation: Bidrag til tidsskrift/Konferencebidrag i tidsskrift /Bidrag til avisTidsskriftartikelForskningpeer review