Aarhus University Seal / Aarhus Universitets segl

Doug Speed

Professor

Profile photo

Doug Speed

Professor

  • Center for Kvantitativ Genetik og Genomforskning - Center for Kvantitativ Genetik og Genomforskning, Aarhus
Postaddresse:
Ny Munkegade 116
8000
Aarhus C
Danmark

E-mail: doug@qgg.au.dk

Curriculum Vitae

Uddannelse og ansættelser

2020 - Professor, Center for Kvantitativ Genetik og Genomforskning, Aarhus Universitet
2017 - 2020Aarhus Institute of Advanced Studies (AIAS) Aarhus Universitet
2010 - 2017UCL Genetics Institute, University College London (Først som postdoc, vejledt af David Balding, derefter selvstændig MRC Fellow)
2006 - 2010PhD i Statistisk Genetik, University of Cambridge (Vejleder: Simon Tavare)
2000 - 2004Kandidatgrad i Matematik (First Class), University of Oxford

Bevillinger og priser

2019Lundbeckfonden Experiment Award (bevilling 1,9M DKK)
2018Samarbejdspartner på en bevilget ARC Ansøgning (bevilling $410.000)
2017Sapere Aude bevilling fra Danmarks Frie Forskningsfond (værdi 5,6M DKK)
2017Marie Curie COFUND Fellowship (værdi: 300.000 euros)
2017Samarbejdspartner på en bevilget BBSRC ansøgning (bevilling £475.000)
2014MRC Career Development Fellowship in Biostatistics (bevilling £450.000)
2013Young Biometrician of the Year (Fisher Memorial Trust & Int. Biometrics Society)

Forskningsresumé

Jeg har en bachelograd i matematik fra University of Oxford, og min ph.d.-grad er i statistisk genetik fra University of Cambridge. Fra 2010-2017 var jeg ved University College London, først som postdoc og siden som selvstændig forsker (finansieret af et MRC Career Development stipendium). I 2017 flyttede jeg til Aarhus Universitet, hvor jeg for nylig startede min egen gruppe (finansieret af et Marie Curie stipendium, et Sapere Aude stipendium og en pris fra Lundbeckfonden).
Jeg har været ansvarlig for en række genetiske anaIyser: Jeg har udført det første helgenom-associationsstudie (GWAS) af medicinrespons for epilepsi, jeg har udført højdimensionel eQTL analyse som en del af METABRIC studiet (med resultater som har omdefineret den molekylære underinddeling af brystkræft), og jeg var den ledende analytiker for metaanalyse-konsortiet International League against Epilepsy (ILAE), der opdagede to nye varianter for epilepsirisiko.
Hovedfokus for min forskning ligger indenfor udvikling og frigivelse af nye metoder til at analysere GWAS data. I 2012 oprettede jeg LDAK Software (www.ldak.org), som indtil nu er blevet downloadet mere end 4000 gange og har 200-300 regelmæssige brugere. Jeg designede oprindeligt LDAK for at muliggøre et mere præcist estimat af "SNP heritabilitet," den totale proportion af fænotypisk variation forklaret ved alle SNPer. Præcise estimater af SNP heritabilitet er vigtige for at forstå GWAS-potentialet og SNP-baserede prædiktionsmodeller, og løse den manglende heritabilitetsdebat. Ved at bruge LDAK viste jeg, at for mange almindelige sygdomme (f.eks. skizofreni, type I & II diabetes, ulcerøs colitis) er almindelige SNPers bidrag væsentligt højere end tidligere undersøgt.
Jeg opdaterer jævnligt LDAK med nye funktioner. De to nyeste tilføjelser er SumHer, en metode til at undersøge komplekse træks genetiske arkitektur fra GWAS sammenfatningsstatistikker, og Bolt-LDAK, der aktuelt er den mest præcise metode til at konstruere SNP-basererede prædiktionsmodeller for komplekse træk.

Vigtigste publikationer

Min seks vigtigste publikationer (alle som førsteforfatter) er markeret med en *. De er blevet publiceret i American Journal of Human Genetics, Genome Research, Nature Reviews Genetics og tre gange i Nature Genetics. Indtil nu er de blevet citeret 1070 gange (i gennemsnit 49 citater per artikel, per år).

*D. Speed, J. Holmes and D. Balding (2020). Evaluating and improving heritability models using summary statistics. Nature Genetics.
*D. Speed and D. Balding (2019). SumHer better estimates the SNP heritability of complex traits from summary statistics. Nature Genetics.
D. Speed, G. Hemani, M. Speed, A Børglum and S. Østergaard (2019). Investigating the causal relationship between neuroticism and depression via Mendelian Randomization. ACTA Psych. Scand.
*D. Speed, N. Cai, the UCLEB Consoritium, M. Johnson, S. Nejentsev and D. Balding (2017).
Reevaluation of SNP heritability in complex human traits. Nature Genetics.
*D. Speed and D. Balding (2015). Relatedness in the post-genomic era: is it still useful? Nature Reviews Genetics.
D. Jeffares, C. Rallis, A. Rieux, D. Speed, et al. (2015). The genomic and phenotypic diversity of Schizosaccharomyces pombe. Nature Genetics.
*D. Speed and D. Balding (2014). MultiBLUP: improved SNP-based prediction for complex traits. Genome Research.
D. Speed, D. Balding, M. Johnson, et al. (2014). Describing the genetic architecture of epilepsy using heritability analysis. Brain.
The International League Against Epilepsy Consortium on Complex Epilepsies (2014). Genetic determinants of common epilepsies: a meta-analysis of genome-wide association studies. Lancet Neurology. I was the lead analyst for the consortium, writing the protocols, and performing the analysis for 6 of the 12 contributing sites.
D. Speed, C. Hoggart, S. Petrovski, M. Johnson, et al. (2014). Genome-wide association study and biological pathway analysis of epilepsy prognosis in a prospective cohort of newly treated epilepsy. Human Molecular Genetics.
D. Speed, G. Hemani, M. Johnson and D. Balding (2013). SNP-based heritability analysis with dense data. American J. Human Genetics.
*D. Speed, G. Hemani, M. Johnson and D. Balding (2012). Improved Heritability Estimation from Genome-Wide SNPs. American J. Human Genetics.
C. Curtis, ..., D. Speed (Author 7), et al. (2012). The genomic and transcriptomic architecture of 2,000 breast tumours reveals novel subgroups. Nature.
D. Speed and S. Tavare (2011). Sparse partitioning: Nonlinear regression with binary or tertiary predictors, with application to association studies. Annals of Applied Statistics.

Følgende liste er mine 10 seneste publikationer. Klik venligst på fanen 'Publikationer' for en komplet liste.

Publikationer

Improved genetic prediction of complex traits from individual-level data or summary statistics

Zhang, Q., Privé, F., Vilhjálmsson, B. & Speed, D., dec. 2021, I: Nature Communications. 12, 1, 9 s., 4192.

Bipolar disorder and cannabis use: A bidirectional two-sample Mendelian randomization study

Jefsen, O. H., Speed, M., Speed, D. & Østergaard, S. D., nov. 2021, I: Addiction Biology. 26, 6, 7 s., 13030.

Signatures of TSPAN8 variants associated with human metabolic regulation and diseases

NFBC consortium, 20 aug. 2021, I: iScience. 24, 8, s. 102893

Genome-wide association study of the sensitivity to environmental stress and adversity neuroticism cluster

Nagel, M., Speed, D., van der Sluis, S. & Østergaard, S. D., maj 2020, I: Acta Psychiatrica Scandinavica. 141, 5, s. 476-478 3 s.

Evaluating and improving heritability models using summary statistics

Speed, D., Holmes, J. & Balding, D. J., apr. 2020, I: Nature Genetics. 52, s. 458-462 5 s.

Estimating narrow-sense heritability using family data from admixed populations

Athanasiadis, G., Speed, D., Andersen, M. K., Appel, E. V. R., Grarup, N., Brandslund, I., Jørgensen, M. E., Larsen, C. V. L., Bjerregaard, P., Hansen, T. & Albrechtsen, A., 2020, I: Heredity. 124, 6, s. 751-762 12 s.

Summary statistic analyses can mistake confounding bias for heritability

Holmes, J. B., Speed, D. & Balding, D. J., dec. 2019, I: Genetic Epidemiology. 43, 8, s. 930-940 11 s.

Investigating the association between body fat and depression via Mendelian randomization

Speed, M. S., Jefsen, O. H., Børglum, A. D., Speed, D. & Østergaard, S. D., aug. 2019, I: Translational Psychiatry. 9, 184.

GWAS on longitudinal growth traits reveals different genetic factors influencing infant, child, and adult BMI

Alves, A. C., De Silva, N. M. G., Karhunen, V., Sovio, U., Das, S., Rob Taal, H., Warrington, N. M., Lewin, A. M., Kaakinen, M., Cousminer, D. L., Thiering, E., Timpson, N. J., Bond, T. A., Lowry, E., Brown, C. D., Estivill, X., Lindi, V., Bradfield, J. P., Geller, F., Speed, D., Coin, L. J. M., Loh, M., Barton, S. J., Beilin, L. J., Bisgaard, H., Bønnelykke, K., Alili, R., Hatoum, I. J., Schramm, K., Cartwright, R., Charles, M. A., Salerno, V., Clément, K., Claringbould, A. A. J., BIOS Consortium, Van Duijn, C. M., Moltchanova, E., Eriksson, J. G., Elks, C., Feenstra, B., Flexeder, C., Franks, S., Frayling, T. M., Freathy, R. M., Elliott, P., Widén, E., Hakonarson, H., Hattersley, A. T., Rodriguez, A., Banterle, M., Heinrich, J. & Early Growth Genetics (EGG) Consortium, 2019, I: Science Advances. 5, 9, 18 s., eaaw3095.

Investigating the causal relationship between neuroticism and depression via Mendelian Randomization

Speed, D., Hemani, G., Speed, M. S., Major Depressive Disorder Working Group of the Psychiatric Genomics Consortium & Børglum, A. D., 2019, I: Acta Psychiatrica Scandinavica. 139, 4, s. 395-397 3 s.

Konferencepræsentationer på invitation (2015 - )

August 2020European Society for Human Genetics (Berlin, Tyskland)
Juni 2018Gene Forum (Tartu, Estland)
Marts 2018North of England Genetic Epidemiology Group (Leeds, England)
November 2017International Biometrics Society, Regional Meeting (London, England)
April 2017Gene Mappers (Geelong, Australien)
Juni 2015Wild Animal Genomics (Trondheim, Norge)
April 2015Inaugural Lecture for the Centre of Systems Genomics (Melbourne, Australien)
Før 2015 holdt jeg foredrag på 10 konferencer (7 på invitation). Jeg har også været inviteret til at holde foredrag på mere end 25 forskningsinstitutioner, herunder Cambridge, Oxford, Bristol, Imperial, Kings, Leiden, Aarhus, GSK.