Hans Brix's ekspertise ligger indenfor områderne botanisk økologi og økofysiologi med særlig fokus på vådområder, søer og vandløb. Fokus er på invasive planter og deres økofysiologi. Forskningen omfatter studier på økosystem niveau, fx emission af drivhusgasser fra vådområder, og studier på individniveau, fx intern gastransport og udskillelse af ilt fra rødder samt interaktionen med det omgivende miljø. Anvendte aspekter af forskningen er rensning af spildevand i plantebaserede renseanlæg. Hans Brix har samarbejder med mange danske og udenlandske virksomheder om rensning af spildevand in konstruerede vådområder.
